filtermateriale med levende mikroorganismer, renser vann som er i god kontakt med luft. Biologiske filtere brukes til rensing av kloakk (se biofilm-renseanlegg), samt avløpsvann fra visse industrielle prosesser. Vannet kan ikke inneholde stoffer som dreper mikroorganismene.
Enkelte typer biologiske filtre benyttes også til å fjerne organiske komponenter fra luft, vanligvis for å redusere luktulemper.