Trondheim, grunnlagt 1760 som en del av Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab, Norges eldste eksisterende vitenskapelige institusjon. Museet ble 1984 en av de fire delenhetene under Universitetet i Trondheim; fra 1996 er det en egen enhet under Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet. Organisert i fire seksjoner for arkeologi og kulturhistorie, naturhistorie, arkeometri og formidling. Fra 2000 inngår Senter for middelalderstudier i museet som et institutt.