Alle barn har i prinsippet rett til skolegang, men landet har ikke obligatorisk og gratis skole for alle. De fleste skoler er offentlige, men det er også en del misjonsskoler. Myndighetene arbeider siden 1997 med å innføre gratis barneskole. Som et resultat har deltakelsen økt. Ca. 60 % av barna begynner i offentlige skole. Utdanningssystemet er lite forandret siden frigjøringen og reflekterer det britiske systemet. Barneskolen er 7-årig og begynner når barna er 6 år. Den videregående skolen er 6-årig (4 + 2 år). Det finnes nå fire offentlige universiteter, bl.a. Makerere universitetet i Kampala. Ifølge UNESCO (2003) er ca. 31 % av den voksne befolkningen analfabeter (20 % av mennene, 40 % av kvinnene).