Etter forfatningen av 1995 er Uganda en presidentstyrt og enhetsstatlig republikk. Statsoverhodet, presidenten, velges i allmenne valg for fem år. Han har vide fullmakter, er militært øverstkommanderende og utnevner statsminister og regjering.
Den lovgivende forsamling, nasjonalforsamlingen, har ett kammer og består av 303 medlemmer. 214 er valgt direkte i allmenne valg, 81 er nominert blant ulike interessegrupper (bl.a. 56 kvinner og 10 fra hæren), samt åtte utpekte mandater. Valgene gjelder for fem år. Fra 1986 til 2005 hadde Uganda et «null-parti-system», der de folkevalgte formelt ikke tilhørte noe politisk parti. I en folkeavstemning 2005 ble det klart flertall for å åpne for fri partidannelse, og ved valgene 2006 deltok seks partier. President Musevenis nasjonale motstandsbevegelse NRM, som har sittet ved makten siden 1986, fikk 205 av mandatene.
Administrativt
Administrativt er Uganda delt inn i fire regioner og 56 distrikter, ledet av folkevalgte organer. Den lokale styreformen er fortsatt under utvikling.