Alt under den demokratiske president Andrew Jackson (1829–37) hadde en krise over tollspørsmålet ført til at South Carolina hadde truet med å melde seg ut av unionen. Jackson hadde da sterkt hevdet unionens enhet, men samtidig gikk han med på å senke tollsatsene. Under Lincoln var det ikke lenger rom for kompromiss. Etter valget 1860 meldte South Carolina seg ut av statsfellesskapet USA og fikk i januar 1861 følge av Georgia, Florida, Alabama, Mississippi, Louisiana og Texas. Med sørstatenes fremste teoretiker John Calhoun hevdet de at delstatene aldri egentlig hadde gitt fra seg sin suverenitet til unionen og at de derfor stod fritt til å velge sin egen vei. I februar 1861 sendte de 7 statene representanter til en uavhengig kongress i Montgomery, der de vedtok en forfatning for den nye konføderasjonenog valgte Jefferson Davis som sin president. Det republikanske flertall i unionskongressen svarte med å oppta det omstridte Kansas som såkalt fri stat og ved å vedta en lov om høy beskyttelsestoll.
Straks Lincoln tiltrådte som president i mars 1861, fastslo han at ingen stat kunne tillates å trekke seg ut av unionen. Kort etter begynte borgerkrigen med at sørstatstropper erobret unionsfortet Sumter i Charlestons havn. Virginia, North Carolina, Tennessee og Arkansas sluttet seg til konføderasjonen.
Slaverispørsmålet stod sentralt i kampen, men for nordstatene var særlig i den første tid opprettholdelsen av unionen enda mer i sentrum. Nordstatene var på papiret overlegne, med en befolkning på ca. 21 mill. mot 9 mill. i sørstatene, hvorav 3,5 mill. var negerslaver. Nordstatene hadde 100 000 industribedrifter, sørstatene 18 000. 70 % av jernbanenettet var i nord. Nordstatene hadde videre nesten all våpenproduksjonen og dobbelt så mange mann under våpen som sørstatene. Men sørstatene hadde større tilgang på trenede offiserer og en mer ensartet hærledelse. Nordstatene førte en mer offensiv krig, men først fra høsten 1863 var sørstatene ugjenkallelig på defensiven. I april 1865 kapitulerte konføderasjonen omsider. Sørstatsgeneralen Robert E. Lee overgav seg med 26 000 mann ved Richmond 9. april, og general Johnston med 37 000 mann overgav seg i North Carolina 26. april. President Lincoln var i november 1864 blitt gjenvalgt for en ny 4-årsperiode, men ble myrdet 14. april 1865.
Den amerikanske borgerkrig ble en milepæl, bl.a. med utvikling av nye våpen og teknikker. Det var den første krig som ble løpende referert i pressen, og den første med et vel utviklet sanitetsapparat. Likevel ble krigen den til da blodigste krig i historien. Unionsstyrkene («de blå») hadde 359 528 døde og 275 000 sårede, mens de konfødererte («de grå») hadde et tap på ca. 258 000 falne og 225 000 sårede. Dette tilsvarte bortimot 40 prosent av den totale hærstyrken fra begge sider, det største mannskapstap i noen amerikansk krig.