De allierte var på Jaltakonferansen februar 1945 blitt enige om prinsippene for okkupasjonen, og bestemmelsene ble nærmere utformet på Potsdamkonferansen i juli–august. Tyskland ble delt i fire soner, en sovjetisk, som foruten landet øst for Elben omfattet Sachsen og Thüringen, mens Vest-Tyskland ble delt mellom Storbritannia, USA og Frankrike. Det ble opprettet et alliert kontrollråd som bestod av fire generalguvernører. Hver av dem hadde den utøvende makt i sin sone, og kontrollrådet fikk lite å si. Også Berlin ble delt i soner, men her ble det opprettet en felles Kommendantura, som skulle lede byens administrasjon. Polen fikk inntil fredsslutningen rett til å overta de tyske landskaper øst for Oder–Neisse-linjen, dvs. Pommern, en stor del av Brandenburg og hele Schlesien, med en tysktalende befolkning på 5–6 mill. Øst-Preussen ble delt mellom Polen og Sovjetunionen. Saarområdet fikk 1946 politisk selvstyre, samtidig som det økonomisk ble knyttet til Frankrike. Det ble opprettet en interalliert domstol i Nürnberg, som oktober 1946 dømte en rekke ledende nazister og militære til døden eller lange fengselsstraffer. I de forskjellige soner ble krigsforbrytere dømt, og administrasjonen «denazifisert».
Tyskland hadde mistet ca. 3,3 mill. mann ved frontene og ca. ½ mill. sivile ved luftangrep m.m. Mer enn 1,5 mill. mennesker forsvant under flukt fra områdene i øst på vei mot Tyskland. Ca. 800 000 ble tvangssendt til Sovjetunionen. Mer enn 2 mill. tyskere fikk varige fysiske skader under krigen. Dertil kom over 100 000 krigsfanger som ble holdt igjen i Sovjetunionen etter krigen. Over 300 000 tyskere var blitt drept av nazistene 1933–45. Industriens kapasitet hadde sunket med 25 prosent, og 8 mill. mennesker var uten bolig da krigen var over.
Med denne situasjonen oppstod det snart strid mellom de allierte om fortolkningen av beslutningene i Potsdam, særlig om Tysklands erstatningsbetalinger og om landets politiske styreform. Okkupasjonsmaktene søkte i samsvar med Potsdamavtalen å avskaffe den tyske krigsindustrien og redusere den tyske stålindustrien. Demonteringen av tyske fabrikker var meget upopulær og ble stadig mer innskrenket, først i de vestlige sonene, til den stanset høsten 1949. Sovjetunionen og de vestlige allierte hadde svært ulike målsetninger også når det gjaldt den tyske økonomien: mens de første ville ta ut så store verdier som mulig, ønsket særlig amerikanske myndigheter en velfungerende økonomi midt i Europa. Uenigheten førte til en svært ulik politikk i den sovjetokkuperte østsonen og vestsonene.
I øst ble det bygd opp en sentralistisk administrasjon fullstendig dominert av okkupasjonsmakten. Jordbruket gjennomgikk reformer, og industrien ble sosialisert. I den første tiden ble mange fabrikker demontert, og produksjonsutstyret sendt til Sovjetunionen – mye av det uten noen sinne å bli tatt i bruk der. Senere valgte man å holde de østtyske fabrikkene i virksomhet, for heller å legge beslag på deler av produksjonen. Politisk og kulturelt ble østsonen ensrettet etter «folkedemokratisk» mønster. I april 1946 fremtvang kommunistene med sovjetisk støtte en samling av det sosialdemokratiske parti og kommunistpartiet i Det tyske sosialistiske enhetsparti (SED).
Størstedelen av den tyske industrien lå i vestsonene. I henhold til avtalene inngått i Potsdam, skulle en andel av de fabrikkanlegg som ble demontert der tilfalle Sovjetunionen som krigsskadeerstatning. Til gjengjeld skulle østsonen levere en rekke råvarer til vestsonene. Da disse råvareleveransene ikke skjedde som forutsatt, stoppet amerikanerne leveranser østover i mai 1946, og ved årsskiftet ble den britiske og den amerikanske okkupasjonssonen slått sammen, bl.a. for å fremme tysk økonomisk gjenreisning. Det gikk mot en varig skille mellom øst og vest, i Tyskland, som i Europa som helhet.
Uenigheten om hvilken utvikling som var ønskelig i Tyskland hang uløselig sammen med «den kalde krigen» som i slutten av 1940-årene brøt ut mellom de allierte fra krigens dager. En gradvis sovjetisering av Øst-Europa i 1946–47 ble møtt med proklamasjonen av den amerikanske Truman-doktrinen mars 1947 og fremleggelsen av Marshallplanen noen måneder senere. Våren og sommeren 1948 inntraff en krise i forholdet mellom Sovjetunionen og vestmaktene i Tyskland. Sovjetunionen oppløste ensidig det allierte kontrollrådet for Tyskland, mens vestmaktene innkalte en tysk lovgivende forsamling og gjennomførte en radikal pengereform i vestsonene. Da vestmaktene innførte den nye valutaen, D-mark, også i Vest-Berlin, ble det i østsonen gjennomført en blokade av byen. Det fikk vestmaktene til å organisere en luftbro med forsyninger til byens innbyggere, noe som gav dem en klar propagandaseier. Men SED forberedte da opprettelsen av en egen stat i den sovjetisk-okkuperte delen av Tyskland. Da Berlin-blokaden ble hevet i mai 1949, var delingen av Tyskland en realitet, selv om opprettelsen av DDR (Tyske demokratiske republikk) formelt først skjedde i oktober samme år.