I perioden fra rundt 1500 til midten av 1800-tallet fulgte den politiske utviklingen i Tyskland et annet løp enn i resten av Europa, hvor sentralmakten ble styrket og som oftest kontrollert av en konge. Også lokaladministrasjonen ble kraftig styrket. Det samme gjaldt hæren, som oftest bestod av leiesoldater. De lavere trinn i det gamle, føydale makthierarkiet mistet etter hvert makten. I Tyskland gikk det annerledes. Keiseren fikk aldri en tilsvarende stilling som f.eks. kongen i Frankrike. Inntektene som keiser tillot ham aldri å bygge opp en hær. Administrasjonen var uhyre liten. Lovverket var ikke fellestysk. Det fantes ikke tysk mynt. I Tyskland ble det neste ledd i hierarkiet suverenitetsbærende: etter Trettiårskrigen 1648 fantes det i Tyskland ca. 300 suverene fyrstedømmer og ca. 1500 såkalte riksumiddelbare områder, som også i praksis var selvstendige. Det ble fyrstene i disse områdene som etter hvert fikk den samme maktstilling som kongene i resten av Europa, flere av dem fikk til og med kongetittel.
Det er flere grunner til at Tyskland ikke fikk et sterkt keiserdømme. Keiseren hadde bare minimale inntekter fra riket, og han ble valgt av et fast valgkollegium som bestod av de største verdslige og geistlige fyrstene. Disse kunne ved nyvalg slå ned på forsøk på keiserlig maktøkning, som gjerne måtte skje over flere generasjoner. Viktigere er det imidlertid at Tysklands sentrale beliggenhet gjorde at nabostatene så med stor uro på forsøk på å etablere en sterk, sentralisert stat i hjertet av Europa. Keiser Karl 5 (1519–56) løste de finansielle problemene ved inntekter fra sine ikke-tyske områder. Han beseiret de protestantiske fyrstene, men ble stoppet av Frankrike i forsøket på å etablere en eneveldig stat i Tyskland. På 1600-tallet ble en tilsvarende drøm knust av franske og svenske våpen i Trettiårskrigen. Etter dette øvde keiseren bare minimal kontroll over fyrstene, og de fikk anledning til å etablere sine små eneveldige stater. Et nytt maktsentrum vokste frem: kurfyrstedømmet Brandenburg som 1701 ble kongedømmet Preussen. Under Fredrik 2 den store (1740–86) ble Preussen en stormakt som rivaliserte med Østerrike om hegemoniet i Tyskland.
Rundt år 1500 stod Tyskland svært sentralt i Europas økonomiske liv. I Nord- og Vest-Europa spilte hansakjøpmennene en dominerende rolle i all handel. De sørtyske byene kontrollerte en stor del av varebyttet mellom middelhavsområdet og Nord- og Vest-Europa. Dette forandret seg i de neste århundrene. Handelsveiene begynte å gå utenom Tyskland, og handelen ble drevet av andre. Mer typiske kystland tok over, særlig England og Nederland. En grunn til dette var at mer voluminøse varer, som korn, salt og tømmer, utgjorde en stadig større del av handelsvolumet, og disse kunne vanskeligere fraktes over land og på elver. Men det betydde kanskje like mye at tyske kjøpmenn manglet en sterk stat i ryggen, noe som bl.a. førte til uforholdsmessig mange tollstasjoner langs tyske elver og landeveier. Dette fordyret varene, og bevirket at tyske kjøpmenn ble holdt borte fra oversjøisk handel.
Jorden ble i hele Tyskland kontrollert av adelige og geistlige godseiere. Men driften av jorden utviklet seg i to forskjellige retninger. Vest for Elben kan systemet kalles Grundherrschaft: godsene var stykket opp i mindre deler som ble leid ut til bøndene. Godseierne levde av jordleie. Denne var oftest fastsatt i penger, men kunne bli betalt i naturalier. Den fallende pengeverdien i perioden førte til synkende inntekter for godseierne i vest. Øst for Elben dominerte et system som gjerne kalles Gutherrschaft: godseierne drev mesteparten av jorden selv; bøndene ble jordløse arbeidere. Godseierne hadde fordelen av stigende priser på jordbruksvarer, særlig korn. For å få best mulig utbytte var de avhengig av nok og billig arbeidskraft. Dette fikk dem til å få gjennomført lovregler som bandt bøndene til det godset de var født på; bøndene ble livegne. Dette er en utvikling som gikk særlig raskt i perioder med stagnasjon eller nedgang i folketallet, som f.eks. under og etter Trettiårskrigen.