Mälarområdet trakk tidlig til seg betydelig handel. På en øy i Mälaren lå på 700–1000-tallet Sveriges eldste by, Birka (Björkö). Senere ble Sigtuna et viktig handelssted, men midt på 1200-tallet vokste Stockholm opp nærmere Østersjøen og ble en viktig utskipningshavn for jern. Forbindelsen med Lübeck var meget viktig i hele middelalderen, og en stor del av borgerne var tyskere. De utgjorde halvdelen av byrådets medlemmer til 1471, da Sten Sture beseiret Christian 1 ved Brunkeberg (Norrmalm). I 1520 ble Stockholm overgitt til Christian 2, som i november foranstaltet Stockholms blodbad. I 1523 tok Gustav Vasa byen etter to års beleiring. På 1600-tallet ble befestningene revet, og Stockholms første överståthållare Claes Fleming lot lage den første byplan. Folketallet, som 1630 var bare maksimalt 9000, vokste sterkt og nådde 1757 72 000. Under Gustav 3 ble Stockholm også rikets kulturelle sentrum, og det ble ført opp mange praktbygninger, statuer osv. I annen halvdel av 1800-tallet begynte utviklingen til storby. Denne har satt spor etter seg i interessante eksempler på byplanlegging og arkitektur, ikke minst i nye forstadsstrøk, en utvikling som også snart spredte seg til nabokommunene (Solna, Lidingö, Nacka, Djursholm m.fl.). Byen har opplevd en økende tilflytting de siste hundre år.