Sayda er meget gammel og har hatt en vekslende historie. I oldtiden var den fønikernes mektigste by. Assyrerne og babylonierne ville ha tak i dens rikdommer, foretok hærtog mot den, plyndret og ødela den. På 600-tallet f.Kr. blandet Egypt seg inn. Etterpå kom perserne, og byen fikk en ny storhetstid. I 348 f.Kr., under perserkongen Artaxerxes Ochus, ble den ødelagt igjen. Byen gav seg frivillig under Aleksander den store på 300-tallet. Etter hans tid stod den under selevkidene i Syria, ptolemeerne i Egypt, romerne og Herodes den store. I kristen tid ble byen bispesete. I korstogstiden og under mongolenes angrep (1258 e.Kr.) ble Sayda herjet gjentatte ganger. Den var snart på kristne, snart på muslimske hender. I 1291 ble den endelig muslimsk. Sayda fikk en ny blomstringstid på 1600-tallet, da handelen ble oppmuntret og beskyttet. Men også på 1800- og 1900-tallet har byen lidd under bombardement og okkupasjon, ikke minst etter utbruddet av den libanesiske borgerkrigen 1976. Det er foretatt flere utgravninger nær byen; 1855 ble det oppdaget en stor nekropol med bl.a. sarkofagene av to sidonesiske konger fra oldtiden.