San Marino ligger klimatisk i en overgangssone mellom middelhavsklima og et mer kontinentalt, mellomeuropeisk klima. Om vinteren inntreffer dager med frost og snø, mens sommeren er varm og relativt tørr. Årlig middeltemperatur er 13-15 °C, varierende med høyden. Årlig nedbørmengde er ca. 800 mm.