Den første innvandringen til Salomonøyene fant trolig sted i 2. årtusen f.Kr. Den første europeer som kom dit, var den spanske sjøfareren Álvaro de Mendaña de Neira (1567); han gav øyene navn etter Bibelens kong Salomo fordi han trodde han hadde funnet sagnlandet Ofir. Senere gjorde Mendaña og andre oppdagelsesreisende flere mislykkede forsøk på å gjenfinne øyene, men det gikk 200 år før de atter fikk besøk av europeere (Philip Carteret 1767, Louis-Antoine de Bougainville 1768). I 1850-årene begynte den anglikanske kirke å drive misjon på øyene. Australske plantasjeeieres ofte brutale rekruttering av landarbeidere nådde Salomonøyene i 1860-årene. I 1885 tok Storbritannia og Tyskland kontrollen over hver sin del av øyene. Tyskland overlot 1893 de fleste av sine øyer til Storbritannia, som opprettet et britisk protektorat; Tyskland beholdt Buka og Bougainville (inngikk i Tysk Ny-Guinea). Etter den første verdenskrig kom de tyske områdene under australsk administrasjon.
Under den annen verdenskrig var det heftige kamper om Salomonøyene. Japan okkuperte 1942 Bougainville og Guadalcanal, men februar 1944 var alle øyene gjenerobret av amerikanske styrker. British Solomon Islands Protectorate ble 7. juli 1978 en selvstendig stat med navnet Salomonøyene (Solomon Islands), og Peter Kenilorea som første statsminister. Salomonøyene har ingen politiske partier i vestlig forstand; nye koalisjoner mellom uavhengige kandidater og grupper har avløst hverandre i rask rekkefølge. Et vedvarende stridstema har vært konsesjoner til utenlandske tømmerselskaper, etter sterke advarsler om at avvirkningen av den tropiske regnskogen skjer i altfor høyt tempo.
En væpnet konflikt på Bougainville, der regjeringshæren i Papua Ny-Guinea kjemper mot et løsrivelsesforsøk, har hatt ringvirkninger til Salomonøyene. Under jakten på opprørere har papuanske styrker gjentatte ganger gjennomført raids mot enkelte av øyene. Salomonøyene har avvist papuanske påstander om aktiv bistand til opprørerne på Bougainville, og hevder at bare humanitær bistand blir gitt.
En langvarig strid mellom de to folkegruppene isatabu, urbefolkningen på hovedøya Guadalcanal, og malaita-stammen fra naboøya Malaita, ble gradvis skjerpet i 1990-årene. Begge er etniske melanesiere, men har forskjellig språk og kultur. Mange malaitanere er kommet til Guadalcanal som innflyttere, og har etter hvert fått grep om den økonomiske makten, noe som vakte harme blant den stedegne befolkningen. Konflikten har i perioder skapt borgerkrigslignende tilstander. 1998–99 grep urolighetene for alvor om seg på Guadalcanal, med kamper mellom de militante grupperingene Isatambus frigjøringsbevegelse (IFM) og Malaita-ørnene (MEE). Mange malaitanere ble jaget fra Guadalcanal. Malaita-ørnene svarte år 2000 med et kuppforsøk, støttet av politienheter. Et fredsavtale inngått samme år ble ikke håndhevet. Forholdene ble stadig mer kaotiske, og voldsomhetene førte folk flest ut i dyp fattigdom.
Dette var bakgrunnen for at Salomonøyene i juli 2003 ble skueplass for den største militæraksjonen i Sør-Stillehavet siden 2. verdenskrig. En flernasjonal styrke på 2300 soldater og politifolk – flest australiere – gikk i land for å stanse kampene som siden 1998 hadde kostet ca. 250 menneskeliv og drevet 20 000 på flukt. Intervensjonen skjedde uten FNs mellomkomst, men samtlige 16 medlemsland i samarbeidsoiganisasjonen Pasific Forum hadde gitt sitt samtykke. Ekspedisjonsstyrken skulle ikke bare sørge for ro og orden, men også ta tak i en omfattende korrupsjon innen statsapparatet. Fra australsk side ble aksjonen begrunnet med at et lovløst Salomon med tiden kunne blitt et fristed for «narkotikahandel, hvitvasking av penger og internasjonal terrorisme».
Australia førte an i et sivilt gjenreisningsprogram. 2005 var mange samfunnsfunksjoner blitt normalisert, men programmet vil vedvare i en årrekke. Salomonøyene har også tidligere hatt nære forbindelser med Australia, som har en flåtebase i Honiara.Et jordskjelv på havbunnen med styrkegrad 8,0 på Richterskalaen utløste 1. april 2006 en 10 meter høy flodbølge som veltet inn over deler av det vidstrakte øyriket. 52 mennesker omkom og 9000 ble gjort hjemløse, ifølge katastrofeeksperter fra FN.
Disputt med Australia
I politikken samlet mye av oppmerksomheten seg om statsminister Manasseh Sogavare, som mai 2006 ble valgt til statsminister under heftige protester. Han har gjentatte ganger kommet med krass kritikk mot australske medlemmer av den flernasjonale styrken som 2003 rykket inn for å stanse krigerske oppgjør mellom rivaliserende etniske grupper.
Sogavare tok parti for landets riksadvokat, Julian Moti, som også er australsk statsborger og som Australia har begjært utlevert som mistenkt for seksuelle overgrep mot mindreårige. Statsministeren svarte på utleveringskravet med å true australierne i den flernasjonale bistandsstyrken med utvisning. Sogavare anklaget australierne for "nykolonialistisk" fremferd, og har også offentlig beskyldt Australia for planer om å drepe ham. Moti ble likevel utlevert til Australia høsten 2007.
I desember 2007 trakk ni statsråder seg ut av regjeringen i protest mot statsministerens lederstil. Sogavare måtte gå fra statsministerposten etter mistillitsvotum. Opposisjonskandidaten Derek Sikua ble deretter valgt til ny regjeringssjef.
Salomonøyene er rangert som nr. 134 av 179 på FN-indeksen for levekår og menneskelig utvikling 2008.