Rouen var opprinnelig en keltisk by og ble på 200-tallet provinshovedstad i det romerske rike (Rotomagus). 841 plyndret og 876 på ny erobret av vikingene. 911 hovedstad i Normandie, og stod under anglo-normannisk herredømme 1066–1204 og 1419–49. I 1431 ble Jeanne d'Arc brent her. Fra høymiddelalderen av var Rouen trolig Frankrikes nest største by. På 1400–1600-tallet var Rouen en blomstrende havneby med privilegier på handel med Afrika, Vestindia og Nederland. Byens berømte fajansefabrikasjon (fra 1500-tallet) nådde sitt høydepunkt på 1700-tallet. Under den annen verdenskrig ble byen utsatt for store bombeangrep, bl.a. ble katedralen sterkt skadet, men er senere restaurert.