Det hersket allerede stridigheter innenfor inkariket da den spanske erobreren Francisco Pizarro med sine menn trengte sørover fra Panama og nådde sentrum av inkariket 1532. Ved å ta til fange inkaherskeren Atahualpa fikk spanierne en enorm løsesum i form av gullskatter. Atahualpa ble likevel henrettet, og dette ble begynnelsen på herjingene for å tilrive seg mer rikdommer. På kort tid var den kulturelt høytstående inkabefolkningen med et høyt utviklet jordbruk forvandlet til slaver i gruvene og plantasjene under spansk herredømme. Pizarro grunnla i 1535 havnebyen Lima, som ble sete for visekongedømmet Peru i 1572. Et opprør anført av inkalederen Tupac Amaru 1 ble knust; omkring 200 år senere, i 1780, ledet Tupac Amaru 2 et nytt opprør mot spanierne, også dette ble slått ned.
Lima var under hele koloniperioden et viktig kommersielt senter. Da den spanske makten begynte å svekkes under Napoleonskrigene og flere av landene i Sør-Amerika løsrev seg, var Peru lojal overfor den spanske tronen. Den argentinske frigjøringshelten José San Martín fortsatte i 1820 nordover mot Peru etter Chiles uavhengighet og erklærte Peru uavhengig i 1821. Royalistene trakk seg tilbake til høyfjellene, men deres hær ble omsider slått av troppene til Bolívar og Sucre i 1824. I en kort periode etter uavhengigheten utgjorde Peru en føderasjon med Bolivia (1836–39). I perioden 1845–62 ble det iverksatt enkelte sosiale reformer som opphevelse av slaveriet, statlig undervisning og beskatning av utenlandsk virksomhet under den konservative generalen Ramón Castilla.