Andesfjellene deler landet i to klimasoner. I øst blir klimaet påvirket av sørøstpassaten, som transporterer fuktig luft fra Atlanterhavet inn mot regionen. Her er det tropisk regnklima med årsnedbør 2000–3000 mm, middeltemperatur omkring 27 °C og liten variasjon mellom varmeste og kaldeste måned. Langs kysten vest for Andesfjellene har man imidlertid ørkenklima med årsnedbør under 50 mm. Varmeste tid på året er februar–mai med middeltemperaturer 20–25 °C, kaldeste tid juli–september med 15–20 °C. Dette er relativt lave temperaturer for disse breddegrader, noe som skyldes den kalde Perustrømmens temperaturmessige innflytelse. I Andesfjellene avtar temperaturen med høyden, samtidig som nedbøren tiltar.
Temperatur
| VARMESTE MÅNED | KALDESTE MÅNED | |||||
| Maks.°C | Min. °C | Maks.°C | Min. °C | |||
| Mollendo | feb. | 27 | 19 | juli–sept. | 19 | 14 |
| Cusco | nov. | 23 | 6 | juni | 21 | -1 |
| Lima | feb.–mars | 28 | 19 | aug. | 19 | 13 |
| Cajamarca | jan. | 22 | 9 | juli | 21 | 5 |
Temperaturene som oppgis er gjennomsnittlig daglig maksimum og minimum i vedkommende måned.
Nedbør
| ÅRLIG | VÅTESTE MÅNED | TØRRESTE MÅNED | |||
| mm | mm | mm | |||
| Mollendo | 25 | aug.–sept. | 5 | des., jan., mars, april, juli | < 3 |
| Cusco | 815 | jan. | 163 | juni, juli | 5 |
| Lima | 40 | juli–sept. | 8 | des.–april | < 3 |
| Cajamarca | 715 | mars | 117 | juli | 5 |