Den parlamentarisk-demokratiske forfatning av 1973 ble suspendert 1977, revidert 1985, suspendert igjen 1999 og revidert på nytt i 2003. Ifølge denne har Pakistan et presidentstyrt regime, der presidenten velges av et kollegium bestående av folkevalgte i nasjonalforsamlingen, senatet og provinsforsamlingene, for en periode på fem år. Regjeringen er ansvarlig overfor presidenten. Han har også endelig beslutningsrett i lovgivningsspørsmål. Presidentens makt er økt i den nye forfatningen fra 2003. Den lovgivende forsamling omfatter nasjonalforsamlingen (342 medlemmer) og senatet (100 medlemmer, 88 valgt fra provinsene og 12 utnevnt av nasjonalforsamlingen fra de føderalt administrerte stammeområdene og hovedstadsområdet). Nasjonalforsamlingen Majlis-e-Shura velges for fire år, ti av plassene er reservert religiøse minoriteter og 60 reservert kvinner. Senatet velges for seks år, der 1/3 skiftes ut annethvert år. De militære har en sterk stilling i landet, og landet har hatt militærstyre 1977–85 og 1999–2002. Forsvarssjef Pervez Musharraf overtok makten 1999 og legitimerte sin presidentstatus for fem år i en folkeavstemning 2002. Pakistan erklærer seg også som en islamsk stat.
Administrativ inndeling
Pakistan er en føderal stat, inndelt i fire provinser, hver ledet av en presidentutpekt guvernør som igjen er assistert av valgte provinsråd. I tillegg til provinsene er det et eget hovedstadsområde samt føderalt administrerte stammeområder. Den pakistanske delen av Kashmir består av to administrative enheter. Provinsene er inndelt i divisjoner, styrt av kommisjonærer utpekt av presidenten. På enda lavere nivåer, distrikter o.l., styrer visekommisjonærer; disse er ansvarlige overfor provinsregjeringene. Det er betydelige regionale spenninger i landet.