Nubia ble utsatt for egyptisk militær og handelsmessig dominans fra ca. 2500 f.v.t., og den direkte erobring ble innledet ca. 2000 f.v.t. Omkring 750 f.v.t. løsrev et nubisk rike (Kusj) seg, og i det påfølgende hundreår (det 25. dynasti, ca 722-655 f.v.t.) var størsteparten av Egypt under nubisk kontroll. Etter at Kusj-riket gikk i oppløsning på 300-tallet e.v.t., levde viktige trekk ved nubisk kultur og samfunnsliv videre, særlig i nord. Området ble kristnet på 500-tallet, og det kristne kongedømmet Dongola var førende helt frem til 1300-tallet, til tross for at Nubia var lagt inn under egyptisk dominans alt i 652. Nubia ble erobret av Egypt igjen i 1820–22, og på slutten av 1800-tallet ble Nubia delt ved at Nord-Nubia ble lagt inn under Egypt og Sør-Nubia under Sudan.
Nubias historie er særlig kjent gjennom Nubia-aksjonen, en storstilt internasjonal aksjon i regi an UNESCO med sikte på å redde historiske monumenter i forbindelse med byggingen av Aswan-dammen på 1960-tallet.