Landet ligger i sin helhet innenfor tropesonen, men strekker seg gjennom flere nedbørssoner, med store nedbørsmengder ute ved kysten, og avtagende mengder innover i landet. Lengst i nord er det savanne- og til dels steppeklima nærmest Tsjadsjøen, med middeltemperaturer 30–35 °C i mars–april, som er de varmeste månedene. I januar–februar er middeltemperaturene 20–24 °C. Årsnedbøren er jevnt over 500–1000 mm. Strøkene nær kysten har tropeklima med høy fuktighet; årsmiddeltemperatur omkring 27 °C, med liten forskjell på varmeste og kaldeste måned, årsnedbør 1000–3000 mm, stedvis nær 4000 mm. Det regner mest august–oktober, minst desember–februar. Variasjonene i klimaet er preget av det ekvatoriale regnbeltets årlige forskyvning og av et vindsystem med monsunkarakter. I januar–februar har regnbeltet sin sørligste posisjon, herskende vind er fra nordøst, ikke sjelden den støvfylte ørkenvind harmattan. Når den nordlige halvkule har sommer, strømmer det fuktig havluft inn fra sørvest, mest markert i kyststrøkene.
Temperatur
| VARMESTE MÅNED | KALDESTE MÅNED | |||||
| Maks.°C | Min. °C | Maks.°C | Min. °C | |||
| Port Harcourt | feb. | 32 | 23 | aug. | 28 | 22 |
| Lagos | mars | 32 | 26 | aug. | 28 | 23 |
| Makurdi | mars | 36 | 24 | juli–aug. | 29 | 22 |
| Maiduguri | april | 40 | 22 | jan. | 32 | 12 |
| Sokoto | april | 41 | 26 | jan. | 33 | 16 |
Temperaturene som oppgis er gjennomsnittlig daglig maksimum og minimum i vedkommende måned.
Nedbør
| ÅRLIG | VÅTESTE MÅNED | TØRRESTE MÅNED | |||
| mm | mm | mm | |||
| Port Harcourt | 2500 | sept. | 384 | jan. | 33 |
| Lagos | 1835 | juni | 460 | des. | 25 |
| Makurdi | 1405 | sept. | 279 | des. | < 3 |
| Maiduguri | 645 | aug. | 221 | des. | 0 |
| Sokoto | 690 | aug. | 244 | des. | 0 |