Egypt faller naturlig inn i fire naturgeografiske hovedregioner: Vestørkenen, Østørkenen, Nildalen og Nildeltaet, samt Sinaihalvøya.
Berggrunnen kan deles i tre regioner: I nord kalksteinsfjell, i sentrale deler Nubian Sandstone og i sør prekambrisk granitt og syenitt.
Vestørkenen
Vestørkenen, arab. al-Sahra al-Gharbiya, omfatter nesten 3/4 av landets areal og utgjør det nordøstlige hjørne av den libyske ørken. Strekker seg fra Middelhavet i nord til grensen mot Sudan i sør, og fra Nilen i øst til grensen mot Libya i vest.
Ørkenen består av et lavt platå, dannet av sedimentære bergarter, er sjelden over 300 moh. og som heller svakt mot nord.
Østørkenen
Østørkenen, arab. al-Sahra al-Sharqiya, strekker seg østover fra Nilen til Suezbukta og Rødehavet. Den består av et ødslig plateområde med opptil 2187 m høye (Shayib al Banat), forrevne randfjell ut mot rødehavskysten.
Nildalen
Den bebodde og oppdyrkede del av landet – det egentlige Egypt – omfatter Nildalen, Nildeltaet og oasene, og utgjør bare 35 600 km2. Nildalen består av et 5–15 km bredt dalføre som Nilen i tidenes løp har gravd.
Sinaihalvøya
Sinaihalvøya er atskilt fra resten av Egypt av Suezbukta. Mot sørøst avgrenses den fra Arabiske halvøy av Akababukta. Den nordlige del av halvøya danner et uregelmessig platå, som skråner mot Middelhavet. Helt i sør hever Sinaifjellene seg til over 2000 moh. (Jabal Katrina 2642 moh.). Fjellene består av vulkanske og metamorfe bergarter, og faller bratt ned mot kystene.