Nå fikk Bonaparte melding om at bl.a. Storbritannia, Østerrike og Russland hadde dannet en koalisjon mot Frankrike (2. koalisjon). Napoleon drog derfor tilbake til Paris. 9.–10. november (18.–19. brumaire) 1799 foretok han et statskupp. «De yngres råd» ble jaget fra hverandre av soldater. Direktoriet var upopulært, og flertallet i befolkningen hilste kuppet med glede. Det ble opprettet et «konsulat» med tre konsuler. Bonaparte fikk som «førstekonsul» praktisk talt diktatorisk makt. I 1804 lot han seg etter en folkeavstemning utrope til «franskmennenes keiser» under navnet Napoleon 1, og 2. desember samme år satte han kronen på Joséphines hode og en laurbærkrans av sølv på sitt eget i Notre-Dame. Han lot seg også utrope til konge av Italia.
Med brumaire-kuppet og keiserkroningen var den franske revolusjon definitivt over. Napoleon styrte eneveldig, uten noen gang å ta avstand fra de revolusjonære idealer. Han opprettet en ny adel og skaffet seg et stort hoff med sentrum i Tuileriene. Den rojalistiske opposisjonen ble hensynsløst slått ned. Hans makt bygde først og fremst på hæren. Han fremmet handel og den begynnende industrien, og gjorde mye for å bedre kommunikasjonene. Hans forfatningsreformer, som for en stor del fortsatt står ved lag, innebar en sentralisering av styret, en oppdeling av landet i departementer (fylker) som ble styrt av sentralt utnevnte prefekter og en sanering av finans- og bankvesenet. Den revolusjonære lovgivningen ble fullført 1804 gjennom Code Civil (også kalt Code Napoléon), der likhet for loven og privat eiendomsrett var bærende elementer. Dommerne ble uavsettelige embetsmenn. I 1801 sluttet han også en overenskomst med Paven.