Det galliske Condevincum eller Portus Namnetum var en viktig by i romersk tid og ble på 300-tallet bispesete, ble beleiret av hunerne og stod 843–936 under normannerne. Som hovedstad for hertugene av Bretagne kom Nantes 1524 under den franske krone. Før revolusjonen var Nantes landets fremste havn med stor handel på Amerika, særlig med sukker. Da større skip ikke kunne gå opp elven, gikk Nantes tilbake som havneby, til den 6,5 m dype Canal maritime var ferdig 1893. 1943–44 led byen betydelige krigsskader.