Berggrunnen består for det meste av metamorfe grunnfjellsbergarter med områder av konglomerat og sandstein. I øst, mot grensen til Botswana, dekkes berggrunnen av Kalahariørkenens sand. Kystsonen (med Namibørkenen) er 70–160 km bred. Sørvest for Walvis Bay har Namibørkenen store sanddyner. Innenfor kystsonen ligger et 1000–2200 m høyt sentralplatå, som i øst går over i Kalaharisenkningen. Høyere fjellpartier i nord (Ovamboland og Damaraland), omkring hovedstaden Windhoek og i sør (Namaland). Landets høyeste fjell er Brandberg, 2579 moh. I nord ligger en ca. 4800 km2 saltslette, Etosha, som er rester av en tidligere innsjø som er tørket inn. Denne utgjør i dag den sentrale delen av Etosha nasjonalpark (ca. 23 000 km2). Vassdrag med permanent vannføring finnes kun langs landets grenser.