Eldre historie
Området omkring dagens Mali er en av de regionene i Afrika som først ble tett befolket, noe de mange steinalderfunnene forteller om. På grunn av den tidlige handelen mellom Vest- og Nord-Afrika, som gikk over Sahara, oppstod det i dette området flere statsdannelser allerede før vår tidsregning. En serie med riker oppstod og gikk i oppløsning, slik som Ghana, Mali og Songhai. Mali har tatt sitt navn etter det store riket som hadde sitt høydepunkt på 1300-tallet (Mali-riket). Deretter reiste flere folkegrupper seg mot sentralmakten og tok kontrollen med store områder. Mali-riket opphørte å være en politisk enhet av betydning rundt 1550. Fra Mali-rikets gradvise oppløsning til Frankrikes kolonisering på slutten av 1800-tallet fantes flere statsdannelser i landet, hvorav flere motsatte seg den franske innflytelse og erobring. Bamako var allerede før franskmennenes ankomst et senter for handel langs Nigerfloden. Politisk makt langs den viktige Niger var ikke sentralisert, men enkelte herskere kontrollerte store områder og krevde inn skatter fra fastboende som handelsreisende, eller de stod også bak plyndring. Enkelte politiske maktsentra fantes i det sentrale og sørlige Mali på slutten av det 19. århundret, bl.a. som følge av islamske kriger. Et av dem var Toucouleur-riket, ledet av al-Hajj Umar, som gikk til krig mot malinkaene og la under seg Bambara-riket, men selv ble slått av tuareg- og fulani-styrker. Andre maktsentra vokste frem under ledelse av Samori Touré og Tieba Traoré – begge i sør. Strid mellom disse førte til at begge stod svekket da Frankrike intensiverte sin kolonisering i 1880-årene.
Kolonitid
Den franske innflytelsen i regionen startet på 1700-tallet, og ekspansjonen inn i det moderne Mali skjedde ikke minst vestfra langs Senegalfloden, fra Dakar, i den hensikt å sikre kommunikasjon mellom ulike franske interesseområder i Vest-Afrika. Frankrike etablerte i 1855 et fort i Medina, helt vest i dagens Mali. Dette ble i 1857 beleiret av al-Hajj Umar, men han lyktes ikke å drive franskmennene ut. Bygging av jernbane fra Senegal til Niger var en viktig del av den franske strategien i kolonikappløpet med Storbritannia; en annen del var inngåelse av avtaler med lokale herskere – for å skaffe seg fotfeste, også militært, for så å bryte dem. Slik gikk Frankrike tidlig på 1880-tallet inn i Toucouleur og inntok Bamako og Kita. Segu ble tatt 1890, Macina 1892, til tross for væpnet motstand. Etter å ha inntatt også Timbuktu (Tombouctou), var hele det moderne Mali – med unntak av fjerntliggende områder i nord – underlagt fransk kontroll. Frankrike søkte å integrere Senegal og Mali i ett territorium kalt Soudan française 1890–99, opprinnelig under navnet Haute Senegal, med hovedstad i Kayes fra 1880, og som fra 1895 ble del av den administrative enhet Fransk Vest-Afrika (Afrique occidentale française) – en føderasjon av åtte franske territorier i Vest-Afrika, som eksisterte frem til 1958. Frankrike rekrutterte soldater fra Fransk Sudan til de to verdenskrigene, og denne erfaringen bidrog til økt bruk av afrikanere i administrative stillinger – og til tiltagende krav om selvstendighet. Skattlegging og tvangsarbeid bidrog til misnøyen med kolonistyret. Etter den andre verdenskrig ble politiske partier etablert for å kjempe om plasser i den franske nasjonalforsamling. På den såkalte Bamako-kongressen 1946 ble den allafrikanske politiske grupperingen Rassemblement démocratique africaine (RDA) etablert; snart med Modibo Keita som leder. Alliert med Union soudanaise (US) kjempet RDA særlig med Parti soudanais progressiste (PSP) om den politiske makt i Mali – frem til og etter selvstendigheten.
Selvstendighet
Valg til en grunnlovgivende forsamling ble holdt 1956. Det ble vunnet av US-RDA, som derved dannet det første ministerråd for Fransk Sudan i 1957. I 1958 ble det innført indre selvstyre innenfor Det franske samveldet, og flere territorier i Vest-Afrika ønsket å gå sammen i en føderasjon. Men bare Mali og Sudan sluttet seg til Maliføderasjonen, da den ble opprettet med Senegal 1959, med en felles nasjonalforsamling. Føderasjonen oppnådde selvstendighet 20. juni 1960, men brøt sammen etter to måneder, da Senegal trakk seg ut av frykt for dominans fra Sudan (Mali). Tidligere Fransk Sudan ble da proklamert som republikken Mali 22. september 1960. Union Soudanais hadde da vunnet valgene, og dens leder Modibo Keita ble landets første president.
Keita førte en radikal, sosialistisk politikk, som bl.a. innebar en tilnærming til de afrikanske nabostater Ghana og Guinea og et delvis brudd i forholdet til Frankrike; bl.a. trakk Mali seg ut av franc-sonen i 1962 – men sluttet seg til igjen 1967 som følge av økonomiske vansker. Mot slutten av 1960-årene vokste opposisjonen mot Keitas regime, både som følge av økonomiske vansker og politisk undertrykking; opprør ble slått ned i 1964 og 1968. Etter at han 1968 oppløste nasjonalforsamlingen, grep en gruppe unge offiserer makten gjennom et statskupp. Et militært råd tok over styringen av landet, med løytnant (senere generalmajor) Moussa Traoré som president. Et statsbærende parti, Union démocratique du peuple malien (UDPM), ble etablert 1976, ledet av Traoré. I 1979 ble Traoré, som sivil, valgt til president, gjenvalgt 1985; begge gangene uten motkandidat.
Uten lovlig politisk opposisjon tok motstanden mot regimet andre former, og fra slutten av 1980-årene vokste kravene om demokrati. I 1990 organiserte opposisjonen seg i bl.a. Comité national d'initiative démocratique (CNID) og Alliance pour la démocratie au Mali (ADEMA). 1991 ble Traoré avsatt i et militærkupp, ledet av oberstløytnant Amadou Toumani Touré, som banet veien for flerpartistyre og demokrati. Som i mange andre tidligere franske kolonier i Afrika, ble en nasjonal konferanse avholdt høsten 1991, og en ny grunnlov ble vedtatt i en folkeavstemning 1992. Det påfølgende valget på nasjonalforsamling førte til at ti av de 21 deltakende partiene fikk plass i parlamentet, med ADEMA som det største. Alpha Oumar Konaré ble valgt til president; gjenvalgt 1997, etter valget 2002 etterfulgt av Amadou Toumani Touré. 1993 og 1998 ble tidligere president Traoré dømt til døden for delaktighet i mord og økonomisk kriminalitet; begge dommene ble omgjort til livsvarig fengsel. Mali ble fremholdt som en modell for demokratisering, men mot slutten av 1990-årene kom det til irregularitet i valgavvikling samt forfølgelse av opposisjonelle, og et kuppforsøk ble avverget 1996.
Etnisk konflikt
Mali var i 1990-årene preget av en etnisk konflikt i nord, der flere grupper fra tuaregfolket gjorde opprør. Konflikten mellom tuaregene og sentralregjeringen har pågått siden 1960-årene, da tuaregene 1962–63 først gjorde opprør – som ble slått ned med militærmakt. Tuaregene lever i og ved Sahara-ørkenen, på tvers av moderne statsgrenser, men ved opprettelsen av Mali ble ca. 300 000 tuareger borgere i denne staten. Under press av modernisering og alvorlig tørke i 1970- og 1980-årene, følte de sitt tradisjonelle livsgrunnlag truet, og gikk til nye opprør. Etter at tuareg-geriljaen i 1990 angrep offentlige mål i det østlige Mali, innførte regjeringen unntakstilstand i to provinser og startet en militær aksjon mot de militante tuareg-organisasjonene, som da kjempet for en selvstyrt tuareg-stat i Sahara. Flere slike organisasjoner var aktive, og fire av dem gikk 1991 sammen i en felles front, Front unifié pour la défense de l'Azawad (FUDA). Forhandlinger ble ført i Algerie i 1992, og en fredsavtale mellom maliske myndigheter og tuareg-representanter ble undertegnet i Alger. Et par andre etniske grupper startet også opprør i nord, bl.a. gjennom Mouvement patriotique Ghanda Koy. En ny fredsavtale med myndighetene ble inngått 1995.
Utenrikspolitikk
I 1960-årene førte Mali en radikal, pan-afrikanistisk og alliansefri politikk, og søkte å bidra til politisk samling av Afrika, bl.a. gjennom etablering av en union med Ghana og Guinea, og deltakelse i etableringen av Organisasjonen for afrikansk enhet (OAU). Samtidig svekket landet forbindelsene med den tidligere kolonimakt Frankrike, parallelt med en tilnærming til Øst-Europa. En vestlig dreining, med bedrede forbindelser med Frankrike, og økt bistand fra Vesten, inntrådte etter president Modibo Keitas fall 1968. President Moussa Traoré bidrog til å plassere Mali på kartet bl.a. ved sin ledelse av OAU, for Bamako-initiativet for fremme tilgangen til medisiner i Afrika, samt ved å lede FNs toppmøte for barn i 1990
I 1974 ble det utkjempet en kortvarig grensekrig mellom Mali og Burkina Faso (daværende Øvre Volta). Konflikten, som dreide seg om et omstridt grenseområde i Agacher-provinsen, blusset opp igjen med nye krigshandlinger i 1985, hvorpå Den internasjonale domstolen i Haag bila konflikten. En mer vedvarende konflikt med tuaregbefolkningen har vært både en innenrikssak og en utenrikspolitisk anliggende. Tuareg-nomadene har tilhold i Algerie, Burkina Faso, Mali, Mauritania og Niger, og en vesentlig del av tuaregenes motstandsbevegelse har ønsket et uavhengig territorium, Azawad, innen disse statene. Blant dem som har støttet dette kravet er Libya, som følgelig er beskyldt for å ha understøttet opprørerne med våpen. Tuareger skal også ha kjempet som leiesoldater i Afghanistan og Irak. Soldater fra Mali deltok i 1990-årene i de fredsbevarende operasjonene i Liberia (ECOMOG) og Rwanda (UNAMIR). Mali sendte også tropper til den afrikanske fredsstyrken som i 1997 ble satt inn i Sentralafrikanske republikk; Malis tidligere militære leder Amadou Toumani Touré hadde vært megler i konflikten mellom regjeringen og hæren. Mali deltok på slutten av 1990-årene i de afrikanske fredsoperasjonene i Liberia, Sentralafrikanske republikk og Sierra Leone. Mali styrket mot slutten av 1990-årene forbindelsene med nabolandene Algerie, Mauritania og Senegal, bl.a. gjennom skjerpet grensekontroll. Sammen med Libya var Mali i 1997 initiativtaker til en sammenslutning av stater i Sahel. Mali har også søkt nærmere kontakt med Mano River-unionen i sør, og dens medlemsland: Guinea, Liberia og Sierra Leone.