Befolkningen er fordelt mellom 18 ulike religionssamfunn og sekter. De kristne kirkene, som tidligere var i flertall, utgjør i 2000 ca. 30 %; det største kirkesamfunnet er den maronittiske kirken, deretter følger den gresk-ortodokse, gresk-katolske (melkitter) og den armenske kirken. Små protestantiske kirker finnes også. De muslimske gruppene utgjør til sammen ca. 55 %. Gjennom historien har sunni-muslimene hatt økonomiske, politiske og sosiale privilegier i forhold til sjia-muslimene, som har hatt tilhold på landsbygda i sør. I senere år er sjia-muslimene også representert i byene, og utgjør den største religiøse enkeltgruppen i landet. Drusere, alawitter og ismaelitter utgjør egne, lukkede samfunn.