Lesotho ligger i det subtropiske sommerregnsområde, hvor nedbøren faller i forbindelse med sørøstpassaten. Nedbøren, som ofte kommer som kraftige tordenbyger, er de fleste steder 500–750 mm i året, men enkelte fjellstrøk får opptil 1900 mm. På grunn av høyden over havet er temperaturene relativt lave, og om vinteren forekommer både frost og snøfall. Middeltemperatur i hovedstaden Maseru (1570 moh.) er 21 °C i varmeste måned (des.–feb.) og 8 °C i kaldeste måned (juni–juli).
Skog finnes ikke lenger i Lesotho, og jorderosjon har vært et alvorlig problem. De lavereliggende områdene har gressvegetasjon som høyere oppe erstattes av alpin vegetasjon.
Pattedyrfaunaen omfatter 50 arter. Elefant og løve forekommer, men begge er utryddelsestruede. Med 323 fuglearter registrert, er fuglefaunaen ganske rik i forhold til landets størrelse. De 120 hekkefuglene omfatter bl.a. hvitpelikan og storkefugler som stork, svartstork, afrikaskjestork og skyggefugl. Av rovfugler kan nevnes lammegribb, kappgribb og flodørn. Dessuten forekommer 41 krypdyr og 6 amfibier.