Man vet lite om hvor de eldste innbyggere på Kreta kom fra. Ca. 2000 f.Kr. eksisterte det en rik materiell bronsealderkultur på øya. Denne har satt merker etter seg i pottemakerkunst og byggverk. Mest kjente er de store palasskompleksene i Knossos, Faistos og Mallia; minnene om disse lever i sagnene om kong Minos, Minotauros og labyrinten. Forskjellige trekk ved den kretiske (minoiske) kultur viser at øya hadde en viss forbindelse med Egypt. Fra denne tid finnes det også en kretisk skrift, først en hieroglyfform (finnes bl.a. på den såkalte Faistos-disken), senere en stavelsesskrift (linear A); disse to skriftformene er ennå ikke tydet. Den norske språkforskeren Kjell Aartun argumenterte i 1990-årene for at linear A er et semittisk språk, men har møtt mye motbør.
De store palassene i Knossos har et par ganger vært ødelagt og blitt reist igjen, og det har vært antatt at ødeleggelsene delvis kunne skyldes invasjon av greske stammer fra fastlandet, delvis naturkatastrofer. Ca. 1400 f.Kr. ble de gamle palassene ødelagt for godt. Fra den siste tid før ødeleggelsen stammer omfattende innskriftarkiver, avfattet i en omdannet stavelsesskrift (linear B); briten Michael Ventris påviste at språkformen i disse er gresk. Greske innvandrere har altså ved denne tid sittet ved makten på øya. Kreta fikk i historisk tid en dorisk befolkning. Det gamle språket og kulturen gikk til grunne. Før den tid hadde imidlertid viktige trekk av den minoiske kultur og religion satt sitt preg på fastlandet. Se for øvrig egeisk kultur.
I 67 f.Kr. ble Kreta tatt av romerne og utgjorde sammen med Kyreneia (Øst-Libya) en egen provins med Gortyn som administrasjonssentrum. Ved den endelige deling av riket 395 kom øya til det østromerske riket. I 823 ble den tatt av muslimske andalusiere som hadde sluppet unna en folkeoppstand i Cordoba og via Alexandria gikk i land på Sør-Kreta. De flyttet hovedstaden til nordkysten. Bysantinsk herredømme ble gjenopprettet 961 og folket pålagt den ortodokse tro.
Genoveserne forsøkte å beholde øya fra 1204, etter det fjerde korstog, men 1217 ble den innlemmet i den venetianske koloniforvaltning. En lang rekke folkelige oppstander fulgte som følge av romersk-katolske forsøk på å redusere den greske kirkes innflytelse. De ortodokse konspirerte 1475 med tyrkerne for å frigjøre øya. Venetianerne drev ren økonomisk utbytting av Kreta, som også var sentrum for en lønnsom slavehandel. Fra midten av 1400-tallet utviklet det seg en velstående middelklasse, og mange fikk sin utdannelse ved italienske universiteter. Også ortodokse tok del i oppgangstiden. En blomstrende litteratur oppstod på kretisk dialekt.
I 1645 drepte franskmenn tilhørende Johannitterordenen en høytstående tyrkisk embetsmann i farvannet ved Kreta. Den tyrkisk-venetianske krig som fulgte, ble en forpostkamp mellom kristendommen og islam; fra 1669 var Kreta innlemmet i det osmanske riket. Krigen førte til at det oppstod en ny etnisk gruppe på øya, tyrkisk-kreterne, som senere kom til å spille en sentral rolle. Den intellektuelle eliten flyktet, og mange gresk-ortodokse, som under tyrkerne faktisk var garantert trosfrihet, gikk over til islam. Konverteringsbølgen på 1700-tallet hadde sitt sidestykke i Bosnia og Albania.
Da den greske revolusjon brøt ut, hadde Kreta en befolkning på ca. 200 000, omtrent like mange muslimer som gresk-ortodokse. En jødisk minoritet fantes også. Alle talte kretisk dialekt. Tilslutning til nygresk nasjonalisme, med frigjøring fra tyrkerne som mål, førte til ideologisk splittelse i folket. Oppstandene på Kreta på 1800-tallet ble næret fra fastlandet og av Hellas' mange venner i Europa. I perioden 1830–40 hørte øya under pasjaen i Egypt. De kristne, som ikke var underlagt Koranens økonomiske lover, begynte å kjøpe opp muslimenes jord; dette endret etter hvert de demografiske forhold på øya.
Martyriet i Arkadi-klosteret 1866, da nesten 1000 kristne mistet livet, brakte Kreta på dagsordenen til europeiske regjeringer. Med en traktat 1878, i kjølvannet av Berlinkongressen, kom det til en viss normalisering mellom kristne og muslimske kretere, men forsoningsforsøkene fikk liten praktisk virkning på øya. I 1898 fikk Kreta en autonom status i det osmanske riket, under formynderskap av briter, franskmenn, italienere, russere og østerrikere. En sønn av den greske konge ble innsatt som høykommissær. Tyrkiske tropper forlot øya, og en masseutvandring av kretiske muslimer til den tyrkiske kyst begynte. Utvandringen fortsatte etter at Kreta var blitt forent med Hellas 1913 da Tyrkia hadde tapt den første balkankrig, og den fikk sin avslutning etter Lausanneavtalen 1923 med utveksling av tyrkiske minoriteter i Hellas og grekere i Lilleasia.
Straks etter Italias angrep på Hellas høsten 1940 anla britene flere baser på Kreta. Etter de alliertes nederlag på det greske fastland 1941, ble restene av deres styrker overført til Kreta, men tyskerne tok øya i juni under voldsomme kamper. Den tyske okkupasjon varte til høsten 1944 og førte til store lidelser for befolkningen. I 1944 ble landsbyen Anogia brent og alle voksne menn i landsbyen og omegnen henrettet; bakgrunnen var at en tysk general ble kidnappet av partisaner og britiske offiserer. Kreta unngikk etter krigen å bli trukket inn i borgerkrigen i Hellas. Fra 1950-årene opplevde Kreta en sterk utvandring, men i 1980-årene stabiliserte folketallet seg, bl.a. som følge av en betydelig vekst i turistnæringen. Kreta fikk 1973 sitt første universitet, i Rethymnon.