De fleste barna går i førskolen fra de er 3 år. Det er obligatorisk og gratis skolegang fra barna er 6 til de er 15 år. Barneskolen (shogakko) er 6-årig. Deretter følger en 3-årig ungdomsskole (chugakko). Lærebøker og skolemateriell er gratis, og de som trenger det får tilskudd til mat og ekskursjoner. Bare et fåtall av grunnskolene er private. Skolene i Japan har ry på seg for å kreve god disiplin og mye arbeid. Klassene er gjennomsnittlig større enn i Europa og USA, og elevenes kunnskapsnivå ligger gjennomgående høyere. I 2002 fikk grunnskolen ny nasjonal læreplan med færre arbeidstimer per år, mer vekt på elevenes individuelle utvikling og nye pedagogiske metoder.
Den videregående skolen, som ikke er gratis, tilbyr allmennfaglige og yrkesfaglige linjer. Nær samtlige elever fortsetter i videregående skole. Ca. 30 % av de videregående skolene er private. Rundt 45 % tar høyere utdanning.
Japan har 649 universiteter. Om lag 70 % av universitetene er private. Av de nasjonale har universitetene i Tokyo, grunnlagt 1877, og Kyoto, grunnlagt 1897, størst prestisje. Videre finnes junior colleges (tanki-daigaku), som gir kortere, 3–4-årig utdanning, og tekniske høyskoler (koto-senmogakko). 90 % av disse skolene er private.
Det er hard konkurranse for å komme videre på de beste videregående skolene og universitetene. Inntaket skjer på grunnlag av oppnådde faglige resultater og spesielle opptakseksamener.
Historikk
Skolesystemet har røtter langt tilbake i tiden. I landets eldste tid var det kinesisk kultur som preget undervisningen. Med kinesiske skrifttegn fulgte konfucianismen og buddhismen. På 700-tallet ble den første offentlige skolen opprettet etter mønster fra Tang-riket i Kina. Kinesiske og koreanske lærere ble innbudt, og det ble undervist i religion, jus, historie, kinesisk litteratur, musikk, matematikk og medisin. Skolen var sterkt elitepreget. I Heian-perioden (782–1184) opprettet aristokratiet flere private skoler som ble sidestilt med de offentlige. Mot slutten av 1100-tallet overtok ridderklassen (samuraiene) den politiske ledelsen og ble toneangivende på undervisningsområdet. I den urolige tiden frem til 1600 var det de buddhistiske templer i Kyoto og Kamakura som var sentre for lærdom. På 1500-tallet gjorde jesuittene sitt inntog anført av Francisco Xavier. De var meget aktive skolefolk, men ble forbudt på 1600-tallet. På de jesuittiske skolene underviste man i astronomi, geografi, medisin og kunst. På 1700-tallet, da en betydelig økonomisk fremgang fant sted, ble det opprettet tempelskoler over hele landet. Her fikk barna til vanlige mennesker elementære kunnskaper i lesing og regning.
Den første loven om obligatorisk skolegang kom i 1872 under Meiji-restaurasjonen. Det store flertallet av befolkningen har kunnet lese og skrive siden slutten av 1800-tallet. Under Meiji-restaurasjonen ble de første universitetene opprettet. En reform under den amerikanske okkupasjonen i 1947 demokratiserte skolen, og den oppbyggingen som ble lagt til grunn da, er fremdeles rådende.