De alliertes politikk gikk ut på å avmilitarisere og demokratisere landet under indirekte styre av okkupasjonsmakten USA. En internasjonal krigsforbryterdomstol ble etablert 1946; 28 av nasjonens ledere og ca. 4200 andre ble dømt, general Tojo og seks av 28 til døden. Ultranasjonale organisasjoner ble forbudt og all statsstøtte til shintoreligionen stanset. Keiser Hirohito erklærte 1. januar 1946 at han ikke var en guddom.
Under okkupasjonen (1942–52) fikk Japan ikke føre egen utenrikspolitikk; den ble skjøttet av USA. Krigsmakten ble avviklet. Japan ble påbudt en pasifistisk grunnlov (1947) som setter forbud mot gjenopprustning. Utviklingen i Kina og den kalde krigen førte snart til endringer. Etter at Koreakrigen brøt ut i 1950, tok general MacArthur initiativet til etablering av en politireserve, en kamuflert hær, som 1954 ble omdannet til en såkalt «selvforsvarsstyrke».
Forfatningen slo videre fast at Japan skulle ha et parlamentarisk politisk system etter amerikansk mønster. Den politiske utviklingen under okkupasjonen var dominert av to konservative partier som bygde på mellomkrigstidens partier, med et kort unntak av Tetsu Katayamas sosialdemokratiske regjering 1947–48. Arbeiderne fikk organisasjons- og streikerett. Familiekonserner som Mitsui, Mitsubishi og Subitomo ble oppløst og antimonopollover innført.
Japan måtte gi slipp på alle krigserobringer og også på områder som alltid var blitt betraktet som japanske, f.eks. flere øyer i Kurilene-gruppen i nord. Først i 1951 sluttet det slagne Japan fred i San Francisco med USA og dets vestallierte. Sovjetunionen, Kina og mange av landene som Japan hadde okkupert under krigen, deltok ikke i fredskonferansen. Samme år ble det undertegnet en japansk-amerikansk sikkerhetspakt som gav USA rett til å ha tropper på de japanske øyene.