Honduras ligger i den tropiske klimasone og preges av nordøstpassaten, som gir store nedbørmengder. De nord- og østvendte skråningene har ingen egentlig tørketid. Nedbørmengden ligger på 2000-2500 mm i året, med et nedbørmaksimum fra september til november. De sentrale delene av høylandet har tørke fra november til april, og den gjennomsnittlige årlige nedbøren er sjelden over 1000 mm. Temperaturene i kystlavlandet er høye med små årstidsvariasjoner, men modereres i det indre av landet pga. høyden over havet. I lavlandet ligger middeltemperaturen om vinteren mellom 22-24 °C og ca. 26-28 °C om sommeren.