Jens Olsen Holmboes sønn Otto Holmboe (1710–73), stiftsprost i Christiania, ble stamfar til en linje. Hans sønn, sogneprest i Eidsberg Jens Holmboe (1746–1823), var far til matematikeren, professor Bernt Michael Holmboe (1795–1850) og orientalisten og numismatikeren, professor Christopher Andreas Holmboe (1796–1882).