øy i Kristiansand kommune, Vest-Agder, sør for bysenteret; 6,6 km2, 2534 innb. (2004). Gammel boplass, senere tollstasjon og viktig handelsplass før Kristiansands grunnleggelse 1641. Befestet allerede 1555; festningen Fredriksholm (1654) nedlagt 1872. Under den annen verdenskrig var Flekkerøy befestet av tyskerne.
Flekkerøy har hovedtyngden av fiskeflåten på sørlandskysten ved Kristiansand, utmerkede havner både på Ytre og Indre Flekkerøy. Slipp og reparasjonsverksted, mottakerstasjoner med fryseri, not- og trålbøteri. Flekkerøytunnelen, 2320 m lang undersjøisk veitunnel på Rv. 457, gir øya fergefri fastlandsforbindelse.
Navnet kommer av flekk, 'oppdyrket jordstykke'.