Filippinene har en av de raskest økende befolkninger i verden. Landet hadde ved folketellingen i 2000 76,5 mill. innb. (beregnet til 86,2 mill. innb. 2004). Den årlige befolkningstilveksten 1996–2000 var beregnet til 2,3 %. Den store befolkningsøkningen forklares dels med holdninger hos foreldre som ønsker mange barn for å sikre egen alderdom, dels med den katolske kirkens meget konservative holdning til bruk av prevensjon o.l. i familieplanleggingen. Folketallet vil være fordoblet i løpet av 29 år dersom vekstraten fortsetter uforandret.
Befolkningen er meget sammensatt og uensartet med en rekke ulike etniske grupper, men hovedmengden er av malayisk avstamning. I alt finnes ca. 80 etno-lingvistiske grupper hvorav 33 er inndelt i til sammen over 150 undergrupper. En egen filippinsk identitet er fortsatt under utvikling.
Selv om landets kultur er dypt rotfestet i gamle malayiske tradisjoner, har også andre asiatiske kulturer fått innpass gjennom handelssamkvem, særlig indisk (800–1500-tallet) og kinesisk (fra 800-tallet). I dag er kineserne den største fremmede folkegruppen på øyene. Også japansk og arabisk påvirkning har gjort seg gjeldende. Likevel er det vestlig kultur, først gjennom spansk styre (1565–1898) og deretter amerikansk (1898–1946), som har hatt den største innflytelsen. Det viktigste spanske bidraget er innføringen av kristendommen, men spansk kultur kan også spores i person- og stedsnavn, klesdrakter, arkitektur og folklore. Amerikanerne etterlot seg bl.a. et utdannelsessystem med utstrakt bruk av engelsk.
Agta (også kalt negritos) anerkjennes som den eldste befolkningen på Filippinene. Disse er et mørkhudet dvergfolk som trolig innvandret over landkorridorer for omkring 25 000 år siden. Senere innvandringer har fortrengt disse folkene til isolerte deler av øyriket. Enkelte agta-grupper har til en viss grad bevart sitt tradisjonelle levesett som jegere og sankere, men mange har tatt opp jordbruk. De fleste lever på Luzon, Panay og Negros, men det er også noen på Mindanao og Palawan.
Proto-malayene (også kalt indonesiere) innvandret i flere bølger mellom ca. år 6000 f.Kr. og 100 e.Kr. De fleste av disse folkene driver med jordbruk og har bosatt seg i innlandet. Flesteparten bor på Luzon, og den mest kjente gruppen er ifugao. Mindre grupper finnes på Mindanao, Mindoro og Palawan. Fra det første århundre e.Kr. begynte malayiske folk å innvandre via de sørøstasiatiske øyene. Den første av disse gruppene (100–1300 e.Kr.) er stamfedre til flere av de største etniske gruppene i dag: tagalog (28 % av befolkningen), cebuano (13 %), ilocano (9 %), hiligaynon/ilongo (8 %) og bicol (6 %). Den siste gruppen av malayiske innvandrere (1300–1500 e.Kr.) er stamfedre til dagens muslimer på Suluøyene og Mindanao.
Noen folkegrupper unngikk å innordne seg spansk styre og ble derfor aldri kristnet. Disse gruppene har i dag status som kulturelle minoriteter eller urinnvånere. Offisielt teller de 85 ulike grupper, og til sammen omfatter de 8 % av befolkningen (6,3 mill., 2000). Dels omfatter disse folkene malayer som allerede hadde konvertert til islam ved spaniernes ankomst, dels dreier det seg om agta-grupper og proto-malayiske folk som trakk opp i fjellene og beholdt sine tradisjonelle religioner. Flere av disse gruppene lever svært isolert, og har hatt liten kontakt med omverdenen. De fleste lever i Cordilleraregionen og i Cagayandalen i det nordlige Luzon. Muslimene, som omfatter 5 % av befolkningen (2000), lever hovedsakelig på Suluøyene, Basilan og deler av Mindanao, men også på Palawan.
Filippinene er relativt tett befolket (287,5 innb. per km2), men fordelingen er ujevn. Befolkningen fordeler seg med over halvparten (56 %) på Luzon med naboøyer, 20 % på de midtre Visaya-øyene og 24 % på Mindanao og Sulu-øyene. Den aller høyeste folketettheten har det sentrale Luzon med 36 % av landets befolkning. Enkelte provinser rundt hovedstadsområdet Manila har over 1000 innb. per km2. Utenfor Luzon er øya Cebu den tettest bebodde med 725 innb. per km2.
Fortsatt bor over halvparten av befolkningen på landsbygda (52 %), de fleste i små selvforsynende landsbyfellesskap (barrios). De større byene vokser meget raskt. Største bysentra er den sammenvokste hovedstadsregionen Metropolitan Manila (National Capital Region) med 9,9 mill. innbyggere (2000). Andre store byer er (innb. 2000) regionsentrene Davao (1 147 000) på Mindanao og Cebu (662 000) i Visaya-regionen.