Madagaskars særpregede fauna har vesentlig afrikansk opprinnelse, men har utviklet seg i isolasjon gjennom 30–60 mill. år og har frembrakt en rekke endemiske familier. Disse omfatter blant pattedyrene børstepinnsvin eller tenreker (primitive insektetere) og tre halvapefamilier: makier og lemurer, indrier og fingerdyr. Flaggermus, en liten gruppe gnagere og snikekatter (eneste rovpattedyr) utgjør resten av den opprinnelige pattedyrfaunaen. Penselsvin, rotter og en spissmus er nyere innvandrere. Fem fuglefamilier (mesitter, kuroler, markråker, vangaer og asitier), mer enn 100 av de 172 fugleartene som hekker på Madagaskar er stedegne (endemiske). Ytterligere 120 arter er registrert på trekk eller som tilfeldige gjester. Verdens tyngste fugl, madagaskarstrutsen, døde ut i historisk tid. Blant krypdyrene finnes nilkrokodille, skilpadder, 50 gekkoarter, halvparten av kameleonfamiliens 85 arter og to slekter av en familie (iguaner) som ellers bare forekommer i Sør-Amerika og på Fiji. 23 slangearter, bl.a. boaer og snoker, forekommer, men ingen er giftige. Den opprinnelige faunaen forsvinner i takt med regnskogen, mange arter er utryddelsestruede.