Pattedyrfaunaen omfatter 105 arter. Elefant og løve ble utryddet for flere hundre år siden, mens leopard muligens finnes i utilgjengelige strøk. Villsvin lever i skogene, gaseller og sjakaler på steppene. Fennek eller ørkenrev lever i ørkenstrøk og berberape i Atlasfjellene. En rekke gnagere, bl.a. flere arter jordekorn. Fuglefaunaen er middelhavspreget med innslag av arter som ellers bare finnes sør for Sahara: perlehøns, hvitbrynfrankolin og svartkronesjagra. I alt 490 arter er registrert, 206 av disse hekker. Sandhøns og tallrike lerke-, steinskvett- og sangerarter er karakteristiske. Diademrødstjert er stedegen (endemisk) i Nordvest-Afrika og er vanlig. Nesten hele verdensbestanden av skallet ibis lever i naturreservater i Marokko. Mer enn 100 krypdyrarter og 13 amfibier. Vandregresshopper gjør ofte stor skade på avlingene i sør.