Ørkenklima med ekstrem varme. Klimaet er mer trykkende ute ved kysten enn i innlandet på grunn av høy luftfuktighet. Hovedstaden Djibouti har årlig middeltemperatur på 30 °C; kaldeste måned er januar med 25 °C i middel (døgnmaksimum 29 C°), varmeste måned er juli med 37 °C (døgnmaksimum 43 C°). Store deler av landet ligger i regnskyggen og får lite nedbør. Årlig nedbørmengde er ca. 125 mm ved kysten og opp til 500 mm i fjellene. Det meste av nedbøren faller i perioden oktober-april. Landet er periodevis rammet av tørke, av og til også flom.