Klimaet er tropisk, men modereres av høydene. Middeltemperaturen varierer fra ca. 23 °C langs Tanganyikasjøen til 20 °C på platåene og ca. 16 °C på de høyeste fjellskråningene. Årsnedbøren utgjør omkring 1200 mm på platåene og over 1400 mm øverst i randfjellene. Den avtar gradvis til ca. 750 mm ved Tanganyikasjøen. Det er to regntider, den lengste fra februar til mai.