Bhutan kan inndeles i 3 klimatiske soner. Den sørlige sone er ca. 50 km bred med høyder fra 150 til 2000 moh. Her er tropisk klima. Sommermonsunen bringer rikelig med regn og årsnedbøren ligger på ca. 2,5 meter. Lenger nord ligger den ca. 75 km brede sentrale sone som for det meste ligger mellom 2000 og 4000 moh. Her er det temperert klima med monsunregn. I den laveste del er klimaet litt kjøligere enn i Alpene. Ved grensefjellene i Store Himalaya er klimaet nærmest arktisk.