Kystsletta er smalest i nord, avbrutt av en del klippeformasjoner, bredere mellom Durrës og Vlorë. Her har elvene avleiret fruktbar jord og bygd ut små deltaer i Adriaterhavet. Ellers lave bakkedrag og små strandsjøer. Lengst i sør enkelte steile klinter.
Overgangsområdet består av fruktbare elvesletter avbrutt av lave fjellutløpere. Innlandet preges av høye, bratte kalkfjell som er en fortsettelse av Dinariske alper. I øst stiger disse fjellene til over 2000 moh., og når sitt høyeste punkt i Korab (2764 moh.) nær grensen mot Makedonia. Berggrunnen her er hovedsakelig fra mesozoisk tid, men selve fjellkjedefoldningen skjedde i tertiær. Lengst i nord, de Albanske alper.
Det finnes tre større innsjøer i Makedonia, Shkodërsjøen i nord, Ohridsjøen og Prespasjøen i øst; alle ligger på grensen til nabolandene. En rekke elver renner i trange og ufremkommelige slukter vestover gjennom fjellene før de når kysten. Lengste elv er Drin, som kommer fra Ohridsjøen.