Topografien, de store avstandene og et lite utbygd samferdselsnett har gjort transport både vanskelig og dyrt i Afghanistan. Samferdselen var tidligere henvist til karavanefrakt. Dette har avtatt, men nomadene står fortsatt for en del av varetransporten. Lastebiler, busser, kameler og esler er viktigste transportmidler. Før den russiskbygde veien og tunnelen gjennom Salangpasset (3363 moh.) ble åpnet i 1964, var store deler av nordområdene avstengt fra Kabul og resten av landet om vinteren. Veinettet ble i løpet av 1960- og 1970-årene sterkt forbedret, men er senere rasert. Det finnes ingen jernbane i landet, tidligere var det en mindre forbindelse mellom den afghanske havnebyen Hairatan (ved Amu-Darja nord for Mazar-i-Sharif) over til den usbekiske byen Termez. Kabul og Kandahar har internasjonale lufthavner, i tillegg er det nesten 50 mindre flyplasser rundt i landet. Bare Amu-Darja, grenseelven i nord, er seilbar for litt større fartøyer. Elvehavner langs Amu-Darja har veiforbindelser til Kabul. Karachi (i Pakistan) er normalt viktigste transitthavn for skipstrafikk.