En ny grunnlov trådte i kraft i 2004 til erstatning for den gamle fra 1964. Den tidligere grunnloven hadde i praksis vært ute av kraft siden monarkiets fall 1973. 1978–87 var landet en folkerepublikk etter tradisjonelt sovjetisk mønster, og fra 1992 en islamsk republikk, som 1996–2001 ble styrt av den fundamentalistiske Taliban-bevegelsen. Siden den sovjetiske innmarsjen i 1979 har ingen myndighet hatt kontroll over hele landet. Etter regimeskiftet ble det i 2002 opprettet en grunnlovgivende forsamling, Loya Jirga, og en grunnlovskommisjon, som i november 2003 la frem et forslag til ny grunnlov. Forslaget ble vedtatt av Loya Jirga i januar 2004.
Den nye grunnloven slår fast at Afghanistan er en islamsk republikk med en sterk, utøvende president og to visepresidenter. Disse velges i direkte valg for en periode på fem år, med mulighet for å bli gjenvalgt én gang. Presidenten er også leder av regjeringen; han utnevner de 25 ministrene, som må godkjennes av nasjonalforsamlingen, Meli Shura. Forsamlingen betår av to kamre: senatet (Meshrano Jirga) og folkekammeret (Wolesi Jirga). Sistnevnte velges i direkte valg for fem år og har (etter valget i 2005) 249 medlemmer; 68 av plassene er reservert for kvinner. Senatet har 102 medlemmer, hvorav 1/3 er representanter for provinsene (med en funksjonstid på fire år), 1/3 for distriktene (for tre år) og 1/3 er utpekt av presidenten (for fem år); hvalparten av de sistnevnte skal være kvinner. Provins- og distriktsguvernørene sammen med medlemmene av nasjonalforsamlingen utgjør Loya Jirga, som kan sammenkalles av regjeringen ved behov for å diskutere grunnleggende spørsmål om nasjonal selvstendighet og suverenitet. Den fungerer også som riksrett.
Administrativt er Afghanistan inndelt i 34 provinser. Provinsene styres av en regjeringsutnevnt guvernør, men regjeringen i Kabul har ikke kontroll over hele landet.