Peder Krog satt på Trondheims bispestol i hele 42 år – lengre enn noen annen, og han var en flittig visitator og administrator av sitt store stift. Men med sitt utgangspunkt i den ortodokse lutherdom kom han i utakt med kirkens utvikling i retning av pietisme og misjonsiver på begynnelsen av 1700-tallet, og hans nidkjære embetsførsel førte ham opp i mange konflikter og rettssaker.
Krog nedstammet fra Hamar-munken Christen Krog. Faren var en tid rektor ved latinskolen i Århus, hvorfra sønnen ble dimittert til universitetet i København 1670 med “høieste Ros”. 1671–78 besøkte Peder Krog en rekke europeiske universiteter og tok magistergraden i Wittenberg 1675. Ved siden av teologien studerte han orientalske språk. Nesten et år tilbrakte han hos den tyske teologen Christian Scriver, kjent predikant og forfatter av oppbyggelseslitteratur.
1678 kom han tilbake til København. Fra 1679 til 1681 var han rektor ved latinskolen i Køge, deretter sogneprest i Besser og Onsbjerg og prost over Samsø. Årene her var de lykkeligste i hans liv, sier Krog. Han giftet seg og fikk fire barn. Da kallelsen kom til bispestolen i Trondheim 1688, skjedde det, ifølge ham selv, “uden hans Vidende og næsten mod hans Vilie”. Etter bispevigselen i februar 1689 ble han, etter kongelig ordre, kreert til doktor i teologi, og året etter fikk han rang som “virkelig justisråd”.
Biskop Krog kom til Trondheim sommeren 1689. Med hans intellektuelle overlegenhet, hans autoritære legning og rastløse virketrang var det duket for strid. Han sendte et rundskriv til alle stiftets sogneprester med et spørreskjema om de kirkelige forhold i de enkelte prestegjeld. Svarene må ha vært nedslående. Kongen hadde skaltet og valtet med kirkens inntekter, enten til egne formål eller til “benådninger” til ulike standspersoner; f.eks. var 13 prestegjeld med 51 kirker “benådet” til 7 personer i Trondheim.
Sammen med stiftamtmann Hans Kaas fikk biskop Krog 1692 opphevet benådningene. Kirkens inntekter ble bortforpaktet på åremål og pengene brukt til å sette kirkene i stand. Opprydningene hadde skaffet ham “udødelig Had og Hevngjerrighed paa Halsen”, sier han. Kaas' etterfølger Iver von Ahnen (1700–22) stilte seg på biskopens motstanderes side. Striden mellom biskop og stiftamtmann ble en tragedie for samarbeidet i stiftsdireksjon og domkapittel. Ekstra tragisk ble det pga. alle ulykkene som rammet Trondheim i tiden som fulgte. Ved bybrannen 1708 ble domkirken, Vår Frue kirke og latinskolen rammet, 1718 ble Trøndelag krigsskueplass og byen utsatt for svensk beleiring, og 1719 brant domkirken på nytt. Gjenoppbyggingen skapte strid om det meste. Prosessene florerte, og den stridbare biskop var involvert i de fleste. Minst 17 prosesser som han var part i, er kjent, og minst seks gikk helt til høyesterett.
Men Krog var også en pliktoppfyllende visitator i det enorme stift, som ennå omfattet Nord-Norge. Knapt noen biskop før ham hadde gått så grundig til verks under visitasene. Etter sin tredje visitas nordpå 1705 sendte Krog en innberetning til kongen om samenes sørgelige åndelige tilstand. Han foreslo å sende lærere til samedistriktene for å lære dem norsk språk, for på den måten å integrere dem i de norske menighetene. Han pekte på den misjonsvirksomhet som ble drevet på svensk side: uklar som riksgrensen var nordpå, kunne det føre til at samene ble lokket over til Sverige. Innberetningen vakte oppsikt fordi et politisk aspekt dermed kom inn i bildet. En ung teolog, Povel Resen, ble sendt nordover for å granske forholdet blant samene langs grensen. Resens rapport til kongen foreslo å sende ordinerte lærere til fjellsamene og bygge kirker og skoler på åtte steder fra Snåsa til Varanger. Både Resen og myndighetene hadde gjennomført undersøkelsen uten å gå veien om stiftets biskop. Da Krog fikk oversendt rapporten, følte han seg dypt krenket på embets vegne.
Med sitt ortodokse og utpreget embetskirkelige syn var Krog kommet i utakt med utviklingen. Den pietetiske reformbevegelse som gjorde seg gjeldende både innen kirken og i regjeringskretser, slo til lyd for strengere kirketukt og hedningmisjon. Dette stod Krog fremmed overfor. 1714 opprettet Frederik 4 et eget regjeringskollegium som skulle ta seg av hedningmisjon innen kongens riker og besittelser, og året etter ble misjonen blant samene lagt inn under Misjonskollegiet. Dette fikk skjebnesvangre konsekvenser for Krog, særlig fordi Thomas von Westen 1716 ble utnevnt til å lede “Finnemisjonen”, med lønn fra domkapitlets lektorembete. von Westen var prest i Møre og Romsdal – i Krogs eget stift – og hans syn på kristningsarbeidet blant samene var radikalt forskjellig fra Krogs. von Westen brukte misjonærer som skulle undervise samene på deres eget språk, og han la ut på sin første misjonsreise uten engang å vise biskopen sin instruks. Krog motarbeidet deretter i det stille alt og alle som stod i forbindelse med von Westens misjonsarbeid.
Biskop Krogs en gang så sterke posisjon ved hoffet ble også radikalt svekket. 1716–19 ble inntekten av alle kirkene nordpå overført til misjonen. 1720 påla kongen stiftsdireksjonen å avlevere ca. 70 kirker til misjonen i forsvarlig stand innen utgangen av 1723. Da kongen 1721 kunngjorde kirkene i Norge til salgs, var kirkene i Nord-Norge uttrykkelig holdt utenfor. Etter at von Ahnen døde 1722, ble biskopen alene gjort ansvarlig for kirkenes istandsettelse. Biskop Krog saboterte pålegget. Under et besøk i København 1726 ble han nektet å reise hjem; misjonskollegiet aktet å reise tiltale mot ham for ikke å ha oppfylt kongens ordre.
En kommisjon ble nedsatt, men kollegiet var ikke tilfreds med kommisjonens domsutkast, og kommisjonen fikk oversendt en dom fra kongen som helt avvek fra dens egen innstilling: Biskop Krog pålegges for egne midler å sette misjonskirkene i forsvarlig stand innen mikkelsmesse (29. september) 1727. Inntil kirkene var avlevert i godkjent stand, skulle alle biskopens inntekter beslaglegges. Den sjokkerende dommen ble forkynt for Krog 18. oktober 1726.
1727 tiltrådte Jacob Benzon som ny stiftamtmann i Trondheim. Det ble hans oppgave å inndra biskopens inntekter, og i den anledning kontaktet han Krog for å innhente informasjon. Denne anledningen benyttet biskopen til å gjennomgå hele saken i et mesterverk av en forsvarstale, der han bl.a. hevdet at å etterleve dommen ville kreve 20 år og 30–40 000 riksdaler! Benzon oversendte forsvarsskriftet til kongen, som ekspederte det videre til kommisjonen. Dens kommentar var at dommen var kongens eget verk og umulig å etterleve.
I Trondheim skjedde også ting som skulle komme biskopen til gode. Thomas von Westen døde våren 1727, og etterfølgeren Eiler Hagerups syn på hvordan finnemisjonen burde drives, lå nærmere opp til det biskop Krog hadde stått for.
Krog var stadig i København, og ved hoffet begynte man å få medynk med den gamle, plagede biskop. Han ble tilbudt å preke i Slottskirken, og 16. januar 1729 fremførte han en tekstutlegning om bryllupet i Kana etter den ortodokse skoles objektive, tematiske mønster. Dronning Anna Sophie ble så grepet av prekenen at hun bad om å få den avskrevet. Dette er den eneste av Krogs prekener som er bevart.
Mai 1729 ble arresten i Krogs inntekter opphevet, og han fikk tilbud om gratis reise med en fregatt som lå seilklar for Bergen. Ved ankomsten dit sendte han varsel til prostene i Romsdal og Nordmøre om at han aktet å visitere de to prostiene på veien hjem. I august var han tilbake i Trondheim etter 3 1/2 års utlendighet.
Også privat hadde livet artet seg turbulent for biskop Krog. Stiftet hadde ikke egen embetsgård, og han bygde seg derfor egen bolig. Den brant ned til grunnen 1699, og biskopen hevdet at brannen var påsatt. Deretter kjøpte han den forfalne Bakke gård, på østsiden av Nidelva rett utenfor byen, og bygde den opp til en representativ bisperesidens; rett ved gården lot han oppføre Bakke kirke til å betjene befolkningen på Bakklandet, som nylig var overført til Strinda prestegjeld, der biskopen selv var sogneprest. Under den svenske general Armfelts beleiring av Trondheim 1718 besluttet forsvarerne av byen å svi av Bakke gård og bebyggelsen på Bakklandet for at svenskene ikke skulle finne dekning der; bare kirken ble spart. Krog beregnet sitt personlige tap til 4550 riksdaler. Til og med i sin utlendighet led han brannskade: Under Københavns brann 1728 strøk hans losji på Frue kirkegård med.
Krogs siste leveår var fredelige, og samarbeidet med Hagerup var godt. Våren 1731 kunne den gamle biskop feire både sitt 50-årsjubileum som prest og sitt gullbryllup. Kort tid etter døde han av hjerneblødning. Hans kiste ble satt ned i biskop Pontoppidans gravkrypt i Domkirkens søndre oktogonkapell.
Bedømmelsen av Peder Krog i biografilitteraturen spenner over et vidt spekter, fra fordømmelse til ukritisk ros. De fleste er enig om at han var en flittig embetsmann. Han passerte Nordkapp 10 ganger på visitas i stiftets ytterste utkant, ordinerte 240 prester, innsatte 32 proster og vigslet 48 nye kirker. Hans siste brev til kongen munnet ut i følgende hjertesukk: “Min Tak af Verdens Børn haver været Crebra Martyria, saa at Fnysen og Brusen, Knurren og Murren, Hat og Afvind, Vanrøkte og Vanlykke, Efterstræbelse og Forfølgelse end ikke opphører indtil denne Dag.”