Knut Leem var prest i Finnmark og senere professor og bestyrer av Seminarium lapponicum Fredericianum i Trondheim. Han var den første norske professor som arbeidet på norsk jord, og han skrev de første vitenskapelige verker om samisk språk.
Leem startet sine studier ved Københavns universitet 1713. To år senere ble han teologisk kandidat, bare 18 år gammel. Allerede som nyutdannet teolog var han sterkt interessert i samemisjonen. Han var imidlertid for ung til aktiv tjeneste i Finnmark, og frem til 1725 arbeidet han derfor som huslærer og assistent for eldre prester på Møre. 1723 søkte han Misjonskollegiet om å bli misjonær for samene i Finnmark. Først våren 1725 ble det en stilling ledig, og Thomas von Westen sendte ham da som misjonær til Porsanger og Laksefjord. 1728 ble han utnevnt til sogneprest i Alta, og etter 10 år i Finnmark flyttet han sørover igjen, da han 1735 ble sogneprest i Avaldsnes på Karmøy.
Da Leem ble sendt nordover, forpliktet han seg til “at lade sig Kundskab i Sproget være angelegen”; han hadde trolig begynt å lære seg samisk kort etter at han søkte om å bli misjonær. De 10 årene han var prest i Finnmark, samlet han en omfattende viten om samisk språk og etnografi. 1748 gav han ut en samisk grammatikk bygd på dialekten omkring Porsangerfjorden. Dette er det første vitenskapelige arbeidet om samisk språk i Norge. Etter at dette var fullført, bodde han et år i København. Han fikk gratis opphold på Waisenhuset mens han fortsatte sine studier i samisk. Her påbegynte han sitt store samiske leksikon, et verk han skulle arbeide med resten av livet.
Finnemisjonen hadde ligget nede siden Thomas von Westen døde 1727, bl.a. fordi biskop Eiler Hagerup i Trondheim mente at samene først måtte lære seg å bruke dansk både i tale og skrift. Hagerups etterfølger biskop Ludvig Harboe hevdet imidlertid bestemt at det var behov for samiskkyndige prester og misjonærer, et synspunkt han holdt fast ved også etter at han vendte tilbake til Danmark. 1750 beskriver Leem Harboes arbeid for samisk språk som en Guds styrelse.
1752 ble Knut Leem utnevnt til “professor lingvæ lapponiæ” og leder av det nyopprettede Seminarium lapponicum Fredericianum i Trondheim. At sameseminaret fikk Frederik 5s navn var en del av fellesmonarkiets politikk for å sikre sine interesser langs de nyopptrukne grensene mot Sverige i det samiske området. Kongen bidrog også med en stående kapital da seminaret ble opprettet, noe som igjen viser seminarets nasjonale betydning.
1751 ble det inngått en grenseavtale med Sverige som regulerte de flytende grensene nordpå. I utkastet til avtalen ble det foreslått at prestene skulle ha rett til å følge sine samiske sognebarn når de passerte de nye statsgrensene på sine årlige vandringer. Embetsverket i København hevdet imidlertid at en slik “prestevandring” ville favorisere svenskene, “som allerede havde lappiske præste”. Det var imidlertid ikke nok å sløyfe paragrafen om “prestevandring”. Flyttsamene på norsk side måtte også sikres samisktalende prester, slik at de ikke behøvde å dra over grensen for å få sjelesorg på sitt eget språk.
Allerede høsten 1750, mens forhandlingene om grenseavtalen var i gang, mottok biskop Frederik Nannestad i Trondheim en henvendelse fra Misjonskollegiet i København med forespørsel om å opprette et samisk språkseminar, som man helst ønsket til Alta. Misjonskollegiet foreslo misjonspresten Leem som leder av seminaret. Han hevdet imidlertid bestemt at seminaret måtte knyttes til en latinskole, og det naturlige stedet ville da være Trondheim. Misjonskollegiet fulgte Leems råd. 10. mars 1751 ble seminaret stiftet. Det fikk imidlertid en løsere tilknytning til katedralskolen enn det tidligere Seminarium scholasticum (1716–27) hadde hatt. (Dette seminaret hadde i realiteten vært identisk med katedralskolen, slik at lektor og misjonsprest Thomas von Westen kunne styre skolen på vegne av Misjonskollegiet.)
Leem ble det nye seminarets hovedlærer, med arbeidsplass på katedralskolen for “der at dressere nogle duelige Subjekter”. I 1750-årene var han mye opptatt med å lede og undervise, men utgav likevel en samling med fire taler på samisk som var holdt på kongens fødselsdag 31. mars. Disse talene var holdt i biskopens hus av den eldste seminaristen, men hadde også vært gjennomgått av professoren.
Samarbeidet mellom seminaret og latinskolen førte raskt til sterke motsetninger. Hensikten med seminaret var primært å få utdannet prester for samefolket. Dermed måtte de samiske elevene plasseres inn i ordinære lektier (klasser) ved skolen i tillegg til at professoren skulle gi dem undervisning i samisk. Biskop Nannestad mente seg berettiget til å avgjøre på hvilke klassetrinn samene skulle plasseres. Det følte rektor Gerhard Schøning var et utilbørlig inngrep i hans myndighetsområde. Det ble full krise da biskopen plasserte samen Anders Andersen Porsanger inn i første lektie, hvor rektors slektning, Elias Schøning, gikk. Rektor tok Elias ut av gruppen, men måtte etter en tid bøye av for biskopen. Anders Porsanger ble student 1758 og tok 1761, som den første same i Norge, sin teologiske eksamen.
Seminarium lapponicum Fredericianum ble også lojalt støttet av biskop Nannestads etterfølger, J. E. Gunnerus, men det er nok ikke utenkelig at han i sitt nære samarbeid med Gerhard Schøning også hadde forståelse for den holdning som Schøning hadde til den samiske opplæring i katedralskolen. I tillegg til den prinsipielle motstanden mot det samiske språk lå det nok også en standsoppfatning bak motstanden mot særopptak av samiske elever. 1756 kom en forordning som fastslo at bare gutter som kunne lese og skrive latin, skulle tas inn som elever i latinskolene. Da var det ikke enkelt å ta inn “naturbarn fra Finnmark”. Trolig var stifterne av Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab – Gunnerus, Schøning og Suhm – av den oppfatning at samene var etnisk mindreverdige (ifølge Schøning hadde “samojedene” innvandret til Norge lenge etter den norrøne befolkningen), for den første norske professoren ble aldri innvotert i selskapet, som ble stiftet nettopp i den tid han satt som professor i Trondheim.
Det første større litterære arbeidet fra Leems første år som professor er En Lappisk Nomenclator efter den Dialect, som bruges af Fjeld-Lapperne i Porsanger-Fjorden. Boken ble gitt ut i Trondheim 1756 og er et omfangsrikt arbeid, som fungerer både som et dansk-samisk leksikon og glossar. Den har stor vitenskapelig verdi også i dag. 1763–67 ble det utarbeidet to viktige grunnbøker for skole og undervisning – en katekismus og en ABC på samisk. Grunnteksten er utarbeidet av seminaristene, men Leem var “hovedredaktør” for begge bøkene.
Misjonskollegiet i København hadde planer om å gi ut et større verk om samene i Finnmark. Her kom biskop Gunnerus til å engasjere seg sterkt. Grunnlaget for utgivelsen var et manuskript av Knut Leem. Det er bevart i sin helhet i Universitetsbiblioteket i Trondheim. En forkortet versjon av Leems manuskript med bemerkninger av Gunnerus, spesielt med henblikk på naturhistorie, ble 1767 trykt i København. Denne Beskrivelse over Finmarkens Lapper ble også utgitt på tysk og latin. Det gjorde publikasjonen kjent i hele den lærde verden.
1768 kom det første heftet av det store leksikonet Lexicon lapponicum bipartitum. Da Leem døde 1774, var han kommet til bokstaven S. Det omfattende verket ble avsluttet i København av hans tidligere elev, Varanger-misjonæren Gerhard Sandberg.
Da første del av leksikonet skulle trykkes, ble Porsanger kalt ned til København for å vurdere et forslag om å ta i bruk det ungarske alfabetet som grunnlag for samisk ortografi i leksikonet. To ungarske astronomer, Maximillian Hell og Johann Sainoviocs, hadde under et opphold i Finnmark konstatert at samisk var i slekt med ungarsk. Da Porsanger kom til København, var det oppstått sterke spenninger mellom ham og Leem. Porsanger anbefalte å ta i bruk det ungarske alfabetet, men anbefalingen ble ikke tatt til følge.
Knut Leem døde 1774 og ble gravlagt i domkirken i Trondheim. Mindre enn ett år etter hans død ble Seminarium lapponicum Fredericianum nedlagt for godt. Den nye biskopen, Marius Frederik Bang, var sterkt imot at samene skulle få opplæring i sitt eget språk; alle skulle nå lære dansk. Seminarets inntekter skulle imidlertid brukes til å oversette Bibelen til samisk og til å fullføre det store arbeidet med leksikonet. 1826 ble lærerseminaret i Trondenes opprettet med midler fra Seminarium lapponicum Fredericianum. Her ble det sikret plass for samer fra Finnmark. Siden 1989 har disse fondsmidlene vært disponert av Den samiske høgskolen i Kautokeino.