Jørn Sandnes var professor i historie ved Norges Lærerhøgskole/Universitetet i Trondheim 1975–92. Han var en av de ledende innen norsk agrarhistorie og lokalhistorie, med stor evne og vilje til å formidle for et bredere publikum. 1984 ble han den første rektor for det samlede Universitetet i Trondheim.
Sandnes vokste opp på gården Sandnes i Snåsa. Fra han begynte som gjeter som 8-åring, ferdedes han mye i skog og fjell, og han begynte tidlig å interessere seg for stedsnavnene i landskapet og betydningene av dem. 16 år gammel begynte han på Steinkjer Landsgymnas, der han tok examen artium 1946.
Frem til 1953 studerte Sandnes ved Universitetet i Oslo. Med hovedoppgaven i nordisk, Elve- og innsjønavnene i Snåsa, vendte han tilbake til barndommens interesse. Etter hovedfag fikk han i oppdrag å skrive første bind av bygdebok for Snåsa. De neste årene drev han dels med bygdebokarbeid, dels var han styrer ved realskolen på Snåsa. Fra 1961 begynte han på Namdalens historie, mens han samtidig var universitetslektor i norsk i Kiel 1960–64.
Etter tysklandsoppholdet startet den akademiske karrieren med et høgskolelektorat i historie i Trondheim. 1967 fikk Sandnes stipend fra NAVF og kom med i Det nordiske ødegårdsprosjektet, der han var norsk arbeidsleder det meste av tiden. Han tok doktorgraden 1971, og 1975 ble han utnevnt til professor i historie ved Norges Lærerhøgskole i Trondheim (NLHT) og aksepterte at en forpliktelse i lokalhistorie ble knyttet til stillingen.
Det nordiske ødegårdsprosjektet var det desidert største fellesnordiske prosjektet med til sammen 36 punktundersøkelser. Samlet skulle undersøkelsesområdene være representative nærings- og naturgeografisk, slik at man kunne teste bestemte årsakshypoteser når det gjaldt ødegårdsprosess og agrarøkonomisk nedgang i Norden. I sin doktoravhandling Ødetid og gjenreisning (som ikke var en del av det felles prosjektet) fikk Sandnes i praksis vise hvordan de metodiske problemene kunne løses. 1978 kom den norske sluttrapporten, Ødegårdstid i Norge, redigert av Sandnes sammen med Helge Salvesen. I den nordiske sluttrapporten som kom 1981, var Sandnes ansvarlig for tre av kapitlene. Resultatene fra Ødegårdsprosjektet fikk han også formidlet for et bredt publikum gjennom ett av bindene i Cappelens Norgeshistorie fra 1977 med tittelen Avfolking og union.
Parallelt med Ødegårdsprosjektet arbeidet Sandnes også med stedsnavn, og 1976 utgav han sammen med Ola Stemshaug Norsk stadnamnleksikon. 1983 kom Handbok i lokalhistorie. Faget og metodene. Sandnes var også redaktør av det lokalhistoriske tidsskriftet Heimen i en tiårsperiode og hovedredaktør for seksbindsverket Trondheims historie, som utkom i jubileumsåret 1997.
I sine senere år interesserte han seg for lov og rett i eldre tid. 1990 kom Kniven, ølet og æren. Kriminalitet og samfunn i Norge på 1500- og 1600-tallet. Senere i 1990-årene oversatte han Frostatingslova og Nidaros' eldste bylov, Bjarkøyretten, sammen med J. R. Hagland. Dermed er et viktig kildemateriale til norsk middelalderhistorie lagt til rette.
Sandnes engasjerte seg tidlig i det nye Universitetet i Trondheim og ble den mest markante forkjemperen for et fullt ut integrert universitet. Han var medlem av den sentrale reglementskomiteen 1977 og arbeidet der for et mest mulig enhetlig universitet. 1978 ble han avdelingsformann (dekanus) ved avdeling for filologi og 1981 rektor ved NLHT. 1984–87 var han rektor ved Universitetet i Trondheim.
Som lokalhistoriker var Sandnes formann og redaktør i Trondhjems Historiske Forening, styreformann for Trøndelag folkemuseum, styremedlem i Landslaget for lokalhistorie og Norsk lokalhistorisk institutt. Han hadde også verv i tysk-norsk forskningssamarbeid. 1991–98 var han ansatt av Statens kartverk som navnekonsulent for Midt-Norge.
Sandnes var medlem av Det Kongelige Norske Videnskabers Selskab (1974), Det Norske Videnskaps-Akademi (1982) og Kungl. Gustav Adolfs Akademien i Uppsala (1983). 1989 ble han utnevnt til æresdoktor ved Uppsala universitet.