Jens Rathke var landets første professor i zoologi fra 1813 til 1845. Ved omfattende reiser langs norskekysten beskrev han de norske fiskerier og gav klare tilrådinger om forbedringer, spesielt utvikling av havfiske.
Rathke ble student fra katedralskolen i Christiania 1787 og studerte deretter ved universitetet i København, hvor han tok teologisk embetseksamen 1792. Men i likhet med mange teologer på den tid var det naturforskning som vakte hans interesse, sterkt inspirert av den kjente botanikeren Martin Vahl.
Det ble zoologi som ble Rathkes hovedfelt, og allerede 1794 presenterte han sitt første arbeid Om Dam-Muslingen for Naturhistorisk Selskap i København. Arbeidet, som beskriver dammuslingens nervesystem, vakte berettiget anerkjennelse. Men Rathke fikk snart helt andre oppgaver. 1795 sendte regjeringen ham, med støtte av Naturhistorisk Selskap, på reise langs Norges vestkyst fra Bergen til Lofoten for å studere landsdelen og fiskeriene, både natur og sosialøkonomiske forhold. Hans rapport resulterte i nye reiseoppdrag, denne gang for å studere fiskeriene i Frankrike, Spania og Portugal med Madeira.
Da Rathke returnerte 1799, var han blitt utnevnt til overlærer ved katedralskolen i Christiania. Men istedenfor å tiltre stillingen drog han på nye reiser i Norge for om mulig å utnytte sine erfaringer fra fiskeriene i Vest-Europa. Denne gang reiste han fra svenskegrensen i sør til Vadsø i nord med retur via Arkhangelsk og St. Petersburg og til København 1802.
I sine rapporter påpekte Rathke spesielt vekslingene i fiskeriene. Han mente svikten i utbytte ofte skyldtes for sterkt fiske og dårlig forvaltning. For laksen på Sørlandet foreslo han konkret fredning fra august til november. Fiske etter sild og torsk foregikk vanligvis i kystnære farvann. For å sikre et mer stabilt utbytte mente Rathke det var nødvendig å utvikle et havfiske med store dekksfartøyer og bedre utrustning. Han viser til eksempler fra europeisk fiske, spesielt Nederland.
Rathke engasjerte seg også i bedre tilvirking av fiskeprodukter. Blant annet påpekte han at fiskens kvalitet blir bedre ved bløgging, slik at blodet renner ut. Det tok likevel ca. 150 år før bløgging ble påbudt. Det var ikke bare fisket som interesserte Rathke. Han beskrev naturen og unnlot heller ikke å nevne de primitive levevilkår og sosiale forhold. Stort forbruk av tobakk og brennevin var alminnelig. Et forbruk på tre tønner brennevin om året for en familie var i meste laget!
Rapportene fra Rathkes mange reiser ble først trykt 1907 av Selskapet for de Norske Fiskeriers Fremme (Bergen) etter hans håndskrevne manuskript i Det Kgl. Bibliotek i København.
Rathke ble utnevnt til professor ved universitetet i København 1810, men året etter ble han igjen sendt av regjeringen til Norge for spesielt å klarlegge gjeldsforholdene i Nordland. I sine tidligere rapporter hadde Rathke påpekt de dårlige økonomiske og sosiale forhold, spesielt i Nordland, som han mente skyldtes bl.a. de handelsprivilegier som Bergen by hadde fått ved Frederik 2s forordning av 1. april 1562. All handel måtte gå via Bergen, hvor fiskerne også måtte kjøpe sine varer og utrustning, og fiskerne var kommet i bunnløs gjeld. Bergens handelsmonopol ble opphevet 20. oktober 1813, særlig takket være Rathkes innsats.
Samme år (1813) ble Rathke professor i zoologi ved det nyopprettede universitetet i Christiania. Mangel på kvalifisert personell førte til at Rathke påtok seg undervisning i botanikk og mineralogi ved siden av sitt egentlige fag, zoologien. Dessuten bestyrte han Botanisk hage på Tøyen. Han fikk derfor liten tid til å fortsette sin forskning. I over 30 år, til han var 75 år gammel, fortsatte Rathke sin undervisning og la grunnlaget for den videre utvikling av zoologistudier ved universitetet. Rathke hadde en utpreget praktisk innstilling til problemene i norske fiskerier og påvirket uten tvil sin mangeårige medarbeider Halvor Heyerdahl Rasch, som ble en pioner for den mer anvendte forskning.
Rathkes vitenskapelig produksjon var forholdsvis liten, men han nøt stor anerkjennelse i både Danmark og Norge. Mange av hans anbefalinger innen fiskeriene er fremdeles gyldige, og hans rapporter fra reisene er et viktig kulturhistorisk dokument.
Rathke døde 1855, 86 år gammel. Han hadde hatt en usedvanlig arbeidskraft og vært sterkt interessert i å fremme norsk naturforskning. Hele hans formue ble testamentert til et fond ved universitetet i Christiania til bruk for studier av Norges naturforhold. Mange forskere har i årenes løp hatt stor nytte av “Rathkes legat”.