Frederik Nannestad var biskop i Trondhjems stift og deretter i Christiania stift i til sammen 26 år. Han utgav et av de første tidsskrifter i Norge og var samtidens største boksamler.
Nannestad tok magistergraden ved universitetet i København 1718. Han trivdes i det akademiske miljøet. 1722 ble han knyttet til Kommunitetet og Regensen som prost og kunne fortsette sine studier i bibelsk filologi og eksegese. Først 1732 lot han seg utnevne til en stilling i kirken, da han oppnådde det prestisjetunge embetet som stiftsprost i Århus.
Tidsånden i kirken var preget av pietismen, men Nannestad forble hele livet en konservativ ortodoks teolog. I Århus nøt han stor anseelse for lærdom og korrekt embetsførsel. 1742 ble han doktor i teologi på en avhandling om den “forkastelige” mariadyrkelse i hans hjembygds kirke, Eidsberg. Hans korte, tragiske ekteskap falt i den 16-årige Århus-tiden. Nannestad levde resten av livet som enkemann.
Etter kongeskiftet 1746 holdt Nannestad en “Jubel-Prædiken” på Frederik 5s kroningsdag, som i trykt form utgjør en bok på 212 sider i kvartformat! Hans lovprisning av kongehuset virker barokk og komisk på en nåtidsleser, men ble behørig verdsatt på “høyere steder”. Da kongen besøkte Århus 1748, viste stiftsprosten ham om i domkirken. Ved avskjeden ønsket kongen ham til lykke som biskop i Trondhjems stift.
Nannestad var på plass i Trondheim i september 1748. I sitt hyrdebrev til presteskapet minnet han dem om deres plikter overfor allmueskolen og taushetsplikten. Han påla dem å forkynne den rene lære, basert på Luther, alterbok og ritual. For ikke å støte pietistene, som det var mange av i stiftet, anbefalte han Pontoppidans forklaring, men ikke med lett hjerte. I flere andre sammenhenger lot han sin uvilje mot pietisten Pontoppidan få luft.
Personlig var Nannestad en stille, nøktern og umåtelig flittig mann, som trivdes best blant sine mange bøker. Han delegerte aldri embetets forretninger til andre. Han stolte ikke “paa nogen andens Rigtighed”, gikk personlig gjennom alle regnskaper og skrev egenhendig alle brev og betenkninger. Sine prekener la han stort arbeid i, men hans lærde og pedantiske utlegninger hadde liten appell.
Som visitator gjennomførte Nannestad det som ingen biskop før ham hadde maktet: å oppfylle lovens krav om å visitere alle prestegjeld hvert tredje år, en nærmest overmenneskelig oppgave i et stift som omfattet halve Norge. Selv om bare hovedkirkene ble besøkt, dreide det seg om 88 kirker. I sirlig førte visitasberetninger gav han konsise karakteristikker av prestene, deres lærdom og praktiske dyktighet. De tre visitasene nordpå gav ham de største opplevelsene. Han fant en høy etisk standard hos presteskapet og ble gledelig overrasket over deres lærdom og biblioteker.
Samenes situasjon opptok ham. Ikke én av de lokale prester kunne av språklige grunner motta en sames skriftemål, langt mindre gi ham sjelesorg. På svensk side hadde man prester som behersket samisk, og norske samer søkte over grensen for å få sjelesorg. Da Seminarium lapponicum Fredericianum ble opprettet i Trondheim 1752 med Knut Leem som leder, skjenket Nannestad 100 riksdaler til seminaret og omfattet det med faderlig interesse. Men skolen skulle bidra til å skjerpe det motsetningsforhold som utviklet seg mellom den gamle biskop og den unge, dynamiske rektor ved byens latinskole, Gerhard Schøning.
Da biskop Niels Dorph i Christiania døde 1758, ble Nannestad overflyttet dit. Oppbruddet ble så hektisk at han ikke rakk å holde avskjedspreken. Året etter sendte han en trykt “Afskeds-Skrivelse” til prester og venner i sitt gamle stift. Skriftet røper at Nannestad var blitt en åndelig svekket mann med manglende selvkritikk. Han hadde ikke vært syk en eneste dag i de 10 årene han hadde virket der, opplyser han, og heller ikke vært utsatt for skade “paa de mere end 1500 Miles farlige Visitations-Rejser”. 45 prester var blitt ordinert og tre kirker vigslet.
Opprivende personstrid innen presteskapet kastet skygger over hans bispetid i Christiania. 1759 fikk han imidlertid den ære å innvie J. C. Spidberg til biskop i Kristiansand, den første bispevigsel i Norge etter reformasjonen. 1760–61 utgav han et av Norges første tidsskrifter, Ugentlige korte Afhandlinger. I flere år samlet han stoff til en norsk kirkehistorie på latin, Norvegia Sacra quadripartita (i fire bind), men verket kom aldri ut, og manuskriptet er kommet bort. En av hans etterfølgere som biskop, A. C. Bang, har beskrevet ham slik: “Samvittighetsfuld men pedantisk fortørkedes han mere og mere eftersom aarene gikk.” I de siste årene fikk han hjelp av stiftsprost Otto Holmboe, men da han døde 1773, måtte også biskopen søke avskjed. Nannestad døde et knapt år etter.
Ifølge P. F. Suhm hadde Nannestad det største bibliotek i landet. Det ble solgt på auksjon 1778, og den trykte katalogen omfattet 10 203 titler, bl.a. 140 utgaver av Bibelen. Den fornemste bibelutgaven var erkebiskop Aslak Bolts bibel, det eneste bevarte komplette bibelhåndskrift i Norge fra middelalderen. Det ble kjøpt for 43 riksdaler av kanselliråd Carl Deichman og er fortsatt det kosteligste bibliofile klenodium i Deichmanske bibliotek i Oslo.