Frederik Krag hadde flere fremskutte stillinger i Danmark og Norge under Christian 5 og Frederik 4, men hans tid som visestattholder i Norge huskes best for hans strid med de norske bøndene om tjenesteplikten under Den store nordiske krig.
Krag kom i kongelig tjeneste i unge år. Han var tilknyttet det danske gesandtskap i Paris og senere Nijmegen fra 1675, var kammerjunker hos dronningen fra 1678 og ble seremonimester 1683. Han ble opphøyet til baron 1684 og fulgte Christian 5 på dennes norgesreise 1685. Han var gesandt i Nederland 1685–88 og i Stockholm 1697. 1695–1713 var han stiftamtmann i Viborg stift og amtmann i Halds amt, og han nådde toppen av sin karriere som visestattholder i Norge 1713–21. I samme periode var han medlem av Slottsloven på Akershus.
Frederik Krag var en ambisiøs mann. Han var ikke tilfreds med å være stiftamtmann og syntes ikke at han fikk nyte så mye av den kongelig gunst som han fortjente. I brev til storkansler grev Conrad Reventlow 27.10.1699 klaget Krag over at han ennå ikke var blitt utnevnt til ridder. Det var ikke bare en ulempe for ham selv personlig, men også for kongen, fordi Krag ikke fikk den autoritet som han trengte i sitt embete. Han passet på å nevne at han hadde tjent kongen i “atskillige Charger paa Een 26 Aars tid” og bad greven om å legge inn et godt ord for ham overfor kongen. Det kom imidlertid til å gå noen år før Krag fikk sine ønsker oppfylt. Han ble utnevnt til ridder av Dannebrogordenen 1708 og geheimeråd 1712.
Krag ble visestattholder i Norge under Den store nordiske krig, og historikeren Sverre Steen har ment at dette var et uheldig valg: Norges ledelse ble lite handlekraftig, og Krag var dårlig egnet for jobben: “... han var en jysk godseier, drikkfeldig og rå, som mente at han kunde behandle de norske bønder akkurat som de danske, men det gikk ikke”. Krag var på sin side så fortørnet over de norske bøndene at han 1716 klaget til kongen over at de var så “obstinate, at de verken agte Foged, Amtmand, Stiftamtmand eller Vicestatholder, men hver efter sit Behag gjør, hvad dem lyster og godt finder formedelst den Myndighed Øvrigheden er betagen”.
Blant de norske bøndene var postbøndene spesielt misfornøyd med Krag. Selv under krigen, i 1711, hadde bøndene som var ansvarlig for å bringe posten frem, fått fastslått at deres sønner skulle være fri for utskriving som soldater. De postbøndene som ikke hadde sønner, skulle isteden ha én tjenestekar fri for utskriving. Denne bestemmelsen førte nok til at en del unge menn tok tjeneste på postgårder for å slippe militærtjeneste. Ved sin plakat av 30. august 1720 innskrenket Krag postbøndenes rettigheter på dette området, og det førte til en strøm av klager fra postbøndene. Det ble hevdet at noen av dem til og med måtte gjøre tjeneste som soldater selv.
Etter at Den store nordiske krig var over, ble Krag erstattet som stattholder av Ditlev Vibe og trakk seg tilbake til godset Stensballegård, som han hadde fått med sin annen hustru. Hans tredje hustru og enke beholdt denne gården så lenge hun levde. Den ble senere stamhus for hans dattersønn, baron Jens Juel-Vind-Frijs, som også tok navnet Krag og ble stamfar til den danske adelsslekten Krag-Juel-Vind-Frijs.