Fr. Macody Lund var selvlært historiker og særlig opptatt av norsk middelalderhistorie. En del av hans teorier var omstridt, bl.a. hans forslag til rekonstruksjon av Nidarosdomens tårn og vestfront. De siste 20 år av sitt liv viet han hovedsakelig til bevaringen av familiens bypalé Husan (nå Farsund rådhus).
Macody Lund tilhørte en yngre gren av kjøpmanns- og skipsrederslekten Lund fra Farsund, og han var hele livet sterkt opptatt av å bevare familietradisjonene. Han vokste opp i Stavanger, der faren hadde slått seg ned som skipsreder. Etter farens død 1877 flyttet moren med de yngste barna til Kristiania. Etter middelskoleeksamen 1880 skulle han ta examen artium 1882, men måtte avbryte skolegangen før eksamen på grunn av sykdom. Han ble tidlig interessert i historie – særlig norsk middelalder – og rettshistorie, og allerede i gymnastiden skrev han (under navnet Julius Lund) sin første bok, Kronologiske Tabeller til Verdenshistorien, der han bl.a. fremstilte unionstiden med Danmark som et kontinuerlig dansk overgrep mot Norge.
Da han ble frisk, gikk Macody Lund en tid ut i arbeidslivet; han tok også telegrafisteksamen, og høsten 1882 ble han antatt som elev ved Christiania Theater. Men kort tid før skuespillerdebuten deltok han i en pipekonsert rettet mot teatersjefen, Hans Schrøder, som hadde nektet å sette opp Ibsens Gengangere. Han fant det klokest å forsvinne en stund, og de neste seks årene tilbrakte han dels i København, dels på studiereiser i Europa, avbrutt av et halvt års lærervikariat ved Qvams skole i Kristiania og et år i Bergen, der han var redaktør for Mons Litlerés kortlivede tidsskrift Mistelténen. Fra sommeren 1889 bodde han igjen fast i Norge og livnærte seg bl.a. som huslærer til han 1892 fikk ansettelse som stortingsstenograf, en stilling han hadde til 1897. I fritiden prøvde han seg som tegner og maler og leverte illustrasjoner til flere bøker.
1896 ble det satt i gang aksjetegning for et nytt jernbaneselskap, Voss–Stalheim-banen, og Macody Lund fikk stillingen som sekretær og kasserer for aksjetegningen. Baneprosjektet ble aldri realisert, men han hadde stor nytte av erfaringene fra forretningslivet, og samme år kjøpte han konsesjonen for utbygging av telefon i Farsund og på Lista. Farsund og Oplands Telefonanlæg kom i drift før jul 1897, og to år senere solgte han anlegget til staten. I mellomtiden hadde han startet bokhandel i Farsund, og 1898 giftet han seg med Augusta Floer.
Store deler av Farsunds gamle trehusbebyggelse ble ødelagt av brann 12.–13. august 1901. Brannen oppstod i et pakkhus der Macody Lund hadde leid lagerlokaler. Han hadde besøkt lageret rett før brannen brøt ut, og det gikk rykter om at det var hans sigar som var årsak til katastrofebrannen, men ved det påfølgende brannforhøret ble siktelsen om uaktsom brannstiftelse henlagt. Folkesnakket førte imidlertid til at Macody Lunds forretningsdrift gikk dårlig, og 1902 flyttet ekteparet til Kristiania. Året etter fikk han publisert avhandlingen Fisk, Penge, Kultur og Politik, og han fikk et treårig stipend fra Houens legat for å drive historisk forskning. Han konsentrerte seg nå særlig om Norges eldre økonomiske historie, og 1909 utkom avhandlingen Norges økonomiske System og Verdiforhold i Middelalderen, en detaljert analyse av lokale forskjeller i mål-, vekt- og prissystemene i Norge i denne perioden. Fra 1909 mottok han årlig statsstipend for videre økonomisk-historiske studier.
I Riksarkivet hadde Macody Lund oppdaget at en rekke gamle regnskapsbøker var innbundet med rester av pergament fra middelalderen, bl.a. et musikkfragment, den såkalte Olavssekvensen ('Lux illuxit laetabunda'), en lovsang til Olav den hellige. Da alle de gamle bindene ble undersøkt, viste de seg å inneholde et stort antall fragmenter av liturgiske bøker, mange med noter, som senere ble gjenstand for vitenskapelige undersøkelser.
Macody Lund støttet unionsoppløsningen 1905, men stilte seg kritisk til at 7. juni-vedtaket skulle gjøres til gjenstand for en folkeavstemning. Han var sterkt imot å forhandle med svenskene i Karlstad og ville helst ha en ætling av orknøyjarlene som ny norsk konge. Etter hvert fikk han imidlertid et godt forhold til kong Haakon og unnlot ikke å gjøre monarken oppmerksom på hvilken makt han som Norges konge burde utøve! Lunds sterkt nasjonalistiske holdninger og den patos han frembar dem med, er levende fremstilt i skikkelsen cand.mag. Gregorsen i Gunnar Heibergs skuespill Jeg vil verge mitt land fra 1912.
Da arkitekt Olaf Nordhagen 1909 overtok ansvaret for gjenreisingen av Nidarosdomen, la han til side Christian Christies tidligere plan om tilbakeføring til kirkens opprinnelige utseende og fremmet en rekke forslag med utgangspunkt i ulike historiske epoker og stilarter. Macody Lund, som selv hadde vært kritisk til Christies rekonstruksjonsforslag, engasjerte seg sterkt i debatten, både i artikler og foredrag og i avhandlingen Ad Quadratum (1919), der han utviklet sin teori om at middelalderens katedraler var konstruert og oppført etter et geometrisk system bygd på det såkalte gylne snitt, som var kjent allerede fra antikken.
Macody Lund fikk støtte for sitt syn av bl.a. arkitekt Holger Sinding-Larsen, som han kjente fra deres samarbeid om restaureringen av Akershus slott, og 1915 bad Stortinget ham om å utvikle sin teori til et konkret restaureringsforslag, i konkurranse med domkirkearkitekt Nordhagens forslag. De to forslagene til utforming av kirkens hovedtårn og vestfront ble 1922 vurdert av en internasjonal sakkyndig kommisjon, som konkluderte med at Macody Lunds forslag og teorien det bygde på, ikke burde legges til grunn for det videre arbeidet, og Stortinget sluttet seg til dette syn. Macody Lund hadde tapt, men han gav sitt tilsvar på kritikken i boken Ad Quadratum II (1928).
Ekteskapet mellom Macody Lund og Augusta hadde allerede begynt å skrante da Macody 1921 møtte Kirsten Frederiksen. De innledet straks et kjærlighetsforhold, men det gikk 16 år før de kunne gifte seg, ettersom Augusta som troende katolikk i det lengste vegret seg mot å gå med på skilsmisse. Men fra 1924 bodde Macody og Kirsten sammen på Husan i Farsund. Husan hadde gått ut av slektens eie året før på grunn av et skattekrav, men Macody Lund tok initiativ til å opprette et familieaksjeselskap som kjøpte eiendommen tilbake og fikk den fredet.
På Husan førte Macody Lund i de neste 16 årene en utstrakt selskapelighet, noe som bl.a. avspeiles i gjesteboken som ble utgitt til hans 80-årsdag 1943. Da var imidlertid Husan i de tyske okkupanters vold, og deres uforsiktige fyring i de gamle ovnene hadde ført til at den eldste fløyen var ødelagt av brann 1940. Selv ble Macody Lund flere ganger arrestert av tyskerne og forvist fra Farsund, men til slutt fikk han flytte tilbake til Husan, der han døde etter et års kreftsykdom.