Axel Aubert var en av de viktigste industrilederne i Norge i mellomkrigstiden.
Han vokste opp i Kristiania, i en meget solid borgerlig familie. Som så mange andre kommende industriledere valgte den unge Axel å utdanne seg til ingeniør, med spesialisering innenfor kjemifaget. Sin første eksamen avla han ved Kristiania tekniske skole 1893. Ettersom det på denne tiden ikke var mulig å skaffe seg en høyere teknisk utdannelse i Norge, reiste Aubert til utlandet og studerte ved den tekniske høyskolen og ved universitetet i Berlin. Han tok doktorgraden i kjemi ved universitetet i Basel 1895.
Etter ett år som vitenskapelig assistent ved den tekniske høyskolen i Berlin, slo han inn på en industriell løpebane. Han arbeidet ett år som ingeniør i Tyskland og vendte deretter tilbake til Norge, der han 1899 fikk en stilling som kjemiker ved Engene Dynamitfabrik utenfor Kristiania. 1909 avanserte han til direktør. Han var også politisk aktiv, og i årene 1908–10 var han ordfører i Hurum. Under den første verdenskrig var Aubert sentral i reorganiseringen av den norske sprengstoffindustrien. 1917 ble han administrerende direktør for Norsk Sprængstofindustri A/S, et selskap som samlet alle de sentrale virksomhetene i denne bransjen.
Generaldirektør i Norsk Hydro ble han 1926, på et tidspunkt da selskapet befant seg i en dyp krise. Den foregående ledelsen, med Harald Bjerke i spissen, hadde brakt selskapet i en vanskelig situasjon. I stedet for å legge om produksjonen etter nye og mer lønnsomme prosesser, hadde Hydro holdt fast ved Birkelands og Eydes gamle lysbueprosess fra begynnelsen av århundret. Da Aubert overtok som generaldirektør, hastet det med å gi selskapet et nytt teknologisk fundament.
Aubert ble etter kort tid overbevist om at Hydro ikke ville klare omstillingene alene. Han innledet derfor forhandlinger med det tyske kjemikonsernet I.G. Farbenindustrie om teknisk assistanse. En avtale, som ble undertegnet høsten 1927, gjorde det mulig for Hydro å benytte moderne tyske prosesser samtidig som tyske ingeniører bidrog til ombyggingen av Hydros anlegg på Notodden og Rjukan, og reisingen av helt nye gjødselfabrikker på Herøya utenfor Porsgrunn. Som ledd i omstillingsprosessen gjennomførte Aubert en dramatisk reduksjon i Hydros arbeidsstokk og byttet samtidig ut store deler av selskapets toppledelse. I løpet av bare to år var de store anleggsarbeidene sluttført. Den vellykkede omstillingsprosessen bidrog til å gi Auberts en uhyre sterk stilling innad i selskapet, og han ble hyllet som “Hydros andre grunnlegger”.
Avtalen med I.G. Farbenindustrie gav tyskerne stor innflytelse i Hydro. Utover i 1930-årene, da den økonomiske krisen skapte store avsetningsproblemer i gjødselindustrien, oppstod det sterke motsetninger mellom tyske og norske interesser. Aubert klarte etter forholdene å bevare en relativt uavhengig stilling for Hydro, ikke minst takket være sine evner som strateg og forhandler.
Under krisen i 1930-årene arbeidet Aubert målrettet for å gi Hydro flere ben å stå på. Produktspekteret på kunstgjødselsektoren ble utvidet, samtidig som Aubert ivret for helt nye virksomheter, bl.a. fremstilling av lettmetall. Han innledet også et samarbeid med norske myndigheter om industriell utnyttelsen av kullforekomstene på Svalbard, og fremstod på denne måten som nasjonal industristrateg.
Aubert trakk seg tilbake som Hydros generaldirektør i slutten av 1941, men overtok som selskapets styreformann og satt i denne stillingen til han døde i desember 1943. Auberts ledelse av Hydro under den annen verdenskrig er omdiskutert. Ved krigens begynnelse bidrog han til at Hydros lagre av strategisk viktig tungtvann kom på allierte hender. Senere ble imidlertid tungtvannproduksjonen utvidet og solgt til Tyskland. Som de fleste toneangivende industriledere hadde Aubert en utpreget pragmatisk holdning til hvordan næringslivet skulle innrette seg under okkupasjonen, og Hydro kom til å utvikle særlig tette forbindelser til okkupasjonsmakten. Auberts ønske om å gjøre Hydro til produsent av lettmetall bidrog til at selskapet 1941 innledet et samarbeid med I.G. Farbenindustrie og den statlige, tyske flyindustrien om byggingen av fabrikker for fremstilling av magnesium og aluminium. Anleggene på Herøya, som inngikk i den tyske rustningsindustrien, kom aldri i produksjon. De ble ødelagt av allierte bombefly 1943. I den granskningen som norske myndigheter satte i gang etter krigen, ble det stilt store spørsmålstegn ved Hydro-ledelsens håndtering av forbindelsen med tyskerne.
Stillingen som generaldirektør i Hydro la beslag på det meste av Auberts arbeidskraft. Han satt riktignok i hovedstyret til Norges Industriforbund 1926–34 og hadde flere styreverv i industrien, men generelt var han tilbakeholden med å påta seg slike oppgaver. Aubert la stor vekt på å følge med i den vitenskapelige og teknologiske forskning. Han var medlem av en rekke vitenskapelige selskaper, bl.a. Det Norske Videnskaps-Akademi, Det Kgl. Norske Videnskabers Selskab, Kungl. Vetenskaps Societeten i Uppsala og Société de Chimie Industrielle i Paris. I forbindelse med hans avgang som generaldirektør opprettet Hydro Axel Auberts fond til fremme av forskning innen fysikk og kjemi.
Axel Aubert ble utnevnt til ridder av 1. klasse av St. Olavs Orden 1928, og var storoffiser av den belgiske Leopoldorden, offiser av Æreslegionen og kommandør av Dannebrogordenen og den polske ordenen Polonia Restituta.