To jernbanelinjer går gjennom Østfold: Østfoldbanens østre og vestre linje. Vestre linje går fra Oslo sørover til Moss og via Fredrikstad til Sarpsborg, der den møter østre linje. Den fortsetter sørøstover gjennom Halden og inn i Sverige ved Kornsjø. Østre linje grener av fra vestre linje på Ski og kommer inn i fylket ved Tomter i Hobøl. Den går over Askim mot sørøst til Mysen, der den bøyer mot sør til Sarpsborg. Alle gjennomgående persontog fra Oslo til Halden og Sverige går vestre linje, dobbeltspor Moss–Oslo.
De viktigste veiene i fylket er E 6 fra Oslo gjennom Moss og Sarpsborg til Sverige ved Svinesund (har motorveistandard gjennom hele Østfold), samt E 18, som fra Oslo kommer inn i Østfold ved Elvestad i Hobøl og går videre gjennom Askim og Mysen og inn i Sverige øst for Ørje (motorveistandard fra Askim til Mysen). Fra E 6 går sideveier til Fredrikstad og Halden, hhv. Rv. 110 og Rv. 21. Flere nord–sørgående riksveier binder de indre bygdene sammen med byene. Forbindelsene øst–vest i fylket er færre, noe som har sammenheng med bosetning og topografi; ikke minst danner Glomma en barriere. Fem steder går broer over Glomma: ved Fossum på E 18, ved Vamma på Rv. 115 sør for Askim, to i Sarpsborg – den gamle broen over Sarpsfossen (nå Rv. 127) og den nye på E 6 ved Sannesund – samt Fredrikstad bro (Rv. 110).
Moss har bilfergeforbindelse over Oslofjorden til Horten. Østfold har i alt seks mellomriksveiforbindelser med Sverige. Veinettet er tett, særlig utenfor raet, der bosetningen er tettest. Østfold hadde 2005 4,0 % av veinettet i landet mot 1,3 % av rikets areal.
Moss Lufthavn Rygge åpnet for sivil flytrafikk oktober 2007.
Over Østfolds tollsteder går en betydelig utenrikshandel. Viktigste utførselssteder er Sarpsborg, Halden, Fredrikstad, viktigste innførselssteder er Sarpsborg, Fredrikstad og Svinesund.