Klimaet er tropisk. Det meste av årsnedbøren på 1000-2000 mm faller i perioden november-mai; resten av året har tørketid. Middeltemperaturen for hovedstaden Dili varierer mellom 24 °C i august og 27 °C i november-april. Lengre tørkeperioder med alvorlige skadevirkninger har ofte inntruffet med 3-4 års mellomrom.